Tracking the turnover of SARS-CoV-2 VOCs Gamma to Delta in a Brazilian state (Minas Gerais) with a high-vaccination status-Reference-Cited by-同舟云学术

Tracking the turnover of SARS-CoV-2 VOCs Gamma to Delta in a Brazilian state (Minas Gerais) with a high-vaccination status

Published:2022-07-01 Issue:2 Volume:8 Page:
ISSN:2057-1577
Container-title:Virus Evolution
language:en
Short-container-title:

Author:

Fonseca Paula L C¹,Moreira Filipe R R²³,de Souza Rafael M¹,Guimarães Natália R⁴,Carvalho Nara O⁵,Adelino Talita E R⁴,Alves Hugo J¹,Alvim Luige B⁶,Candido Darlan S⁷⁸,Coelho Helena P⁹,Costa Alana V B⁴,Costa Walyson C¹,de Carvalho Alex F⁹,de Faria Bruna W F¹⁰,de Lima Aline B⁶,de Oliveira Eneida S¹⁰,de Souza Carolina S A¹¹,de Souza Fernanda G¹,Dias Rillery C¹,Geddes Victor E V¹,Godinho Igor P⁹,Gonçalves Alessandro L¹,Lourenço Karine L⁹,Magalhães Rubens D M⁹,Malta Frederico S V⁶,Medeiros Eva L A¹²,Mendes Fernanda S⁵,Mendes Pedro H B de P⁴,Mendonça Cristiane P T B⁶,Menezes Andre L¹⁰,Menezes Diego¹,Menezes Mariane T²,Miguita Lucyene¹³,Moreira Rennan G¹⁴,Peixoto Renata B¹⁵,Queiroz Daniel C¹,Ribeiro Adriana A⁴,Ribeiro Ana Paula de B⁴,Saliba Juliana W¹¹,Sato Hugo I⁹,Silva Joice do P¹⁶,Silva Natiely P⁵,Faria Nuno R²⁷⁸,Teixeira Santuza M R⁹,da Fonseca Flávio G⁹,Fernandes Ana Paula S M⁹,Zauli Danielle A G⁶,Januario José Nélio⁵,de Oliveira Jaqueline S¹²,Iani Felipe C de M⁴,de Aguiar Renato S¹¹⁶,de Souza Renan P¹

Affiliation:

1. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais , Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil

2. MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London , Exhibition Rd, South Kensington, London SW7 2BX, UK

3. Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro , Rio de Janeiro, Av. Carlos Chagas Filho 373, Cidade Universitaria, Rio de Janeiro 21941-902, Rio de Janeiro, Brazil

4. Fundacao Ezequiel Dias , Rua Conde Pereira Carneiro 80, Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Minas Gerais, Brazil

5. Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad/Faculdade de Medicina/Universidade Federal de Minas Gerais , Belo Horizonte, Minas Gerais, Av. Prof. Alfredo Balena 189, Centro, Belo Horizonte 30130-100, Minas Gerais, Brazil

6. Instituto Hermes Pardini , Av. das Nações 2448, Distrito Industrial, Vespasiano 33201003, Minas Gerais, Brazil

7. Department of Zoology, University of Oxford , 11a Mansfield Rd, Oxford OX13SZ, UK

8. Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo , Av. Dr. Enéas Carvalho de Aguiar 470, Jardim América, São Paulo 05403000, São Paulo, Brazil

9. Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais , Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Engenho Nogueira, Belo Horizonte 31310260, Minas Gerais, Brazil

10. Secretaria Municipal de Saúde de Belo Horizonte , Av. Afonso Pena 2336, Funcionários, Belo Horizonte 30130-040, Minas Gerais, Brazil

11. Pan American Health Organization—PAHO , Av. Das Nações SEN, Asa Norte, Brasilia 70312970, Brazil

12. Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais , Rodovia Papa João Paulo II 4143. Edifício Minas Gerais, Cidade Administrativa, Serra verde, Belo Horizonte 31630900, Minas Gerais, Brazil

13. Departamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais , Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil

14. Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais , Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil

15. Departamento de Bioquímica e Imunologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais , Av. Antônio Carlos, 6627, Pampulha, Belo Horizonte 31270901, Minas Gerais, Brazil

16. Instituto D’OR de Pesquisa e Ensino , Rio de Janeiro 22281100, Rio de Janeiro, Brazil

Abstract

Abstract The emergence and global dissemination of Severe Acute Respiratory Syndrome virus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) have been described as the main factor driving the Coronavirus Disease 2019 pandemic. In Brazil, the Gamma variant dominated the epidemiological scenario during the first period of 2021. Many Brazilian regions detected the Delta variant after its first description and documented its spread. To monitor the introduction and spread of VOC Delta, we performed Polymerase Chain Reaction (PCR) genotyping and genome sequencing in ten regional sentinel units from June to October 2021 in the State of Minas Gerais (MG). We documented the introduction and spread of Delta, comprising 70 per cent of the cases 8 weeks later. Comparing the viral loads of the Gamma and Delta dominance periods, we provide additional evidence that the latter is more transmissible. The spread and dominance of Delta did not culminate in the increase in cases and deaths, suggesting that the vaccination may have restrained the epidemic growth. Analysis of 224 novel Delta genomes revealed that Rio de Janeiro state was the primary source for disseminating this variant in the state of MG. We present the establishment of Delta, providing evidence of its enhanced transmissibility and showing that this variant shift did not aggravate the epidemiological scenario in a high immunity setting.

Funder

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo

MEC/CAPES

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais

Medical Research Council-São Paulo Research Foundation (FAPESP) CADDE partnership award

Bill and Melinda Gates Foundation

Wellcome Trust and the Royal Society

Rede Corona-ômica BR MCTI/FINEP affiliated to 116 RedeVírus/MCTI

Financiadora de Estudos e Projetos

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

Publisher