The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub-Reference-Cited by-同舟云学术

The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub

Published:2023-03-30 Issue:4 Volume:15 Page:888
ISSN:1999-4915
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language:en
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Author:

Lamarca Alessandra P.¹^ORCID,Souza Ueric José Borges de²^ORCID,Moreira Filipe Romero Rebello³,Almeida Luiz G. P. de¹^ORCID,Menezes Mariane Talon de³^ORCID,Souza Adrieli Barboza de⁴,Ferreira Alessandro Clayton de Souza⁵,Gerber Alexandra L.¹^ORCID,Lima Aline B. de⁵^ORCID,Guimarães Ana Paula de C.¹,Cavalcanti Andréa Cony⁶,Silva Aryel B. Paz e⁷,Lima Bruna Israel⁸^ORCID,Lobato Cirley⁹,Silva Cristiane Gomes Da⁶,Mendonça Cristiane P. T. B.⁵^ORCID,Queiroz Daniel Costa⁷^ORCID,Zauli Danielle Alves Gomes⁵,Menezes Diego⁷^ORCID,Possebon Fábio Sossai¹⁰^ORCID,Cardoso Franciano Dias Pereira¹¹^ORCID,Malta Frederico Scott Varella⁵^ORCID,Braga-Paz Isabela⁷,Silva Joice do Prado⁵^ORCID,Ferreira Jorge Gomes Goulart⁷,Galvão Jucimária Dantas¹¹,Souza Leandro Magalhães de⁶^ORCID,Ferreira Leonardo⁴^ORCID,Possuelo Lia Gonçalves¹²^ORCID,Cavalcante Liliane Tavares de Faria¹^ORCID,Alvim Luige B.⁵^ORCID,Souza Luiz Fellype Alves de¹³,Santos Luiza C. G. de Araújo E⁷,Dias Rillery Calixto⁷,Souza Rutilene Barbosa¹³,Castro Thaís Regina y¹⁴,Valim Andréia Rosane de Moura¹²^ORCID,Campos Fabrício Souza¹⁵^ORCID,Araujo João Pessoa¹⁰^ORCID,Trindade Priscila de Arruda¹⁴^ORCID,Aguiar Renato S.⁷^ORCID,Michael Delai Robson⁴,Vasconcelos Ana Tereza R de¹^ORCID

Affiliation:

1. Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil

2. Laboratório de Bioinformática e Biotecnologia, Universidade Federal do Tocantins, Campus de Gurupi, Palmas 77410-570, Brazil

3. Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil

4. Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil

5. Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil

6. Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil

7. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil

8. Laboratório de Biologia Molecular, Parque Científico e Tecnológico Regional, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil

9. Centro de Ciências de Saúde e do Desporto, Universidade Federal do Acre, Rio Branco 69920-900, Brazil

10. Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu 18618-689, Brazil

11. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins, Palmas 77054-970, Brazil

12. Departmento de Ciências da Vida, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil

13. Centro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux, Hospital das Clínicas do Acre, Rio Branco 69920-223, Brazil

14. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica, Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria 97105-900, Brazil

15. Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90010-150, Brazil

Abstract

Brazil currently ranks second in absolute deaths by COVID-19, even though most of its population has completed the vaccination protocol. With the introduction of Omicron in late 2021, the number of COVID-19 cases soared once again in the country. We investigated in this work how lineages BA.1 and BA.2 entered and spread in the country by sequencing 2173 new SARS-CoV-2 genomes collected between October 2021 and April 2022 and analyzing them in addition to more than 18,000 publicly available sequences with phylodynamic methods. We registered that Omicron was present in Brazil as early as 16 November 2021 and by January 2022 was already more than 99% of samples. More importantly, we detected that Omicron has been mostly imported through the state of São Paulo, which in turn dispersed the lineages to other states and regions of Brazil. This knowledge can be used to implement more efficient non-pharmaceutical interventions against the introduction of new SARS-CoV variants focused on surveillance of airports and ground transportation.

Funder

BRICS/CNPq/MCTI

Coalizão

Corona-ômica-RJ

COALIZÃO—Ministério da Saúde

FAPESP

FAPERJ

FINEP

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Rede Corona-ômica BR MCTI/FINEP affiliated to RedeVírus/MCTI

Publisher

MDPI AG