The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico

Author:

Zárate Selene1ORCID,Taboada Blanca2,Muñoz-Medina José Esteban3,Iša Pavel2,Sanchez-Flores Alejandro4,Boukadida Celia5,Herrera-Estrella Alfredo6ORCID,Selem Mojica Nelly7,Rosales-Rivera Mauricio8,Gómez-Gil Bruno9,Salas-Lais Angel Gustavo10,Santacruz-Tinoco Clara Esperanza11,Montoya-Fuentes Héctor12,Alvarado-Yaah Julio Elias10,Molina-Salinas Gloria María13,Espinoza-Ayala Gloria Elena14,Enciso-Moreno José Antonio15,Gutiérrez-Ríos Rosa María16,Loza Antonio2,Moreno-Contreras Joaquín2,García-López Rodrigo2,Rivera-Gutierrez Xaira2,Comas-García Andreu17,Wong-Chew Rosa María18,Jiménez-Corona Maria-Eugenia19,del Angel Rosa María20,Vazquez-Perez Joel Armando21,Matías-Florentino Margarita5,Pérez-García Marissa5,Ávila-Ríos Santiago5,Castelán-Sánchez Hugo G.22,Delaye Luis23,Martínez-Castilla León P.2224,Escalera-Zamudio Marina25ORCID,López Susana2ORCID,Arias Carlos F.2ORCID

Affiliation:

1. Posgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Ciudad de México, México

2. Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México

3. Coordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México

4. Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México

5. Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México

6. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad-Unidad de Genómica Avanzada, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Irapuato, México

7. Centro de Ciencias Matemáticas, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia, México

8. Centro de Investigación en Ciencias, Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Cuernavaca, México

9. Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Unidad Mazatlám, Mazatlán, México

10. Laboratorio Central de Epidemiología, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México

11. División de Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México

12. Centro de Investigación Biomedica de Occidente, Instituto Mexicano del Seguro Social, Guadalajara, México

13. Unidad de Investigación Médica de Yucatán, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mérida, México

14. Centro de Investigación Biomédica del Noreste, Instituto Mexicano del Seguro Social, Monterrey, México

15. Unidad de Investigación Biomédica de Zacatecas, Instituto Mexicano del Seguro Social, Zacatecas, Zacatecas, México

16. Departamento de Microbiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México

17. Facultad de Medicna y Centro de Investigación en Ciencias de la Salud y Biomedicina, Universidad Autónoma de San Luis Potosí, San Luis Potosí, México

18. Facultad de Medicina, Laboratorio de Investigación en Enfermedades Infecciosas, División de Investigación, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México

19. Departamento de Epidemiología Instituto Nacional de Cardiología Ignacio Chávez, Ciudad de México, México

20. Departamento de Infectómica y Patogénesis Molecular, Cinvestav, Ciudad de México, México

21. Laboratorio de Biología Molecular de Enfermedades Emergentes y EPOC Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México

22. Programa de Investigadoras e investigadores por México Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Ciudad de México, México

23. Departamento de Ingeniería Genética, Cinvestav Unidad Irapuato, Guanajuato, México

24. Departamento de Ciencias Naturales, Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Cuajimalpa, Ciudad de México, México

25. Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom

Abstract

The emergence and rapid increase of the B.1.1.7 (Alpha) lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) throughout the world were due to its increased transmissibility. However, it did not displace cocirculating lineages in most of Mexico, particularly B.1.1.519, which dominated the country from February to May 2021.

Funder

National Council for Science and Technology-Mexico

Ministry of Education, Science, Technology and Innovation (SECTEI) of Mexico City

AHF Global Public Health Institute of the University of Miami

Publisher

American Society for Microbiology

Subject

Infectious Diseases,Cell Biology,Microbiology (medical),Genetics,General Immunology and Microbiology,Ecology,Physiology

Reference38 articles.

1. Assessing transmissibility of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England

2. Public Health England. 2020. Investigation of novel SARS-COV-2 variant. Variant of concern 202012/01. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959438/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf. Accessed December 28 2020.

3. Rambautm A Loman N Pybus O Barclay W Barrett J Carabelli A Connor T Peacock T Robertson D Volz E on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK). 2020. Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. Virological. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563. Accessed December 9 2020.

4. Deep Mutational Scanning of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Reveals Constraints on Folding and ACE2 Binding

5. Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa

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