Exploration of low-frequency allelic variants of SARS-CoV-2 genomes reveals coinfections in Mexico occurred during periods of VOCs turnover-Reference-Cited by-同舟云学术

Exploration of low-frequency allelic variants of SARS-CoV-2 genomes reveals coinfections in Mexico occurred during periods of VOCs turnover

Published:2024-03-21 Issue:3 Volume:10 Page:
ISSN:2057-5858
Container-title:Microbial Genomics
language:en
Short-container-title:

Author:

García-López Rodrigo¹^ORCID,Taboada Blanca¹^ORCID,Zárate Selene²^ORCID,Muñoz-Medina José Esteban³^ORCID,Salas-Lais Angel Gustavo³^ORCID,Herrera-Estrella Alfredo⁴^ORCID,Boukadida Celia⁵^ORCID,Vazquez-Perez Joel Armando⁶^ORCID,Gómez-Gil Bruno⁷^ORCID,Sanchez-Flores Alejandro⁸^ORCID,Arias Carlos F.¹^ORCID

Affiliation:

1. Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico

2. Posgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Mexico City, Mexico

3. Coordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico

4. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad-Unidad de Genómica Avanzada, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Irapuato, Guanajuato, Mexico

5. Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico

6. Laboratorio de Biología Molecular de Enfermedades Emergentes y EPOC, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico

7. Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Unidad Mazatlán, Mazatlán, Sinaloa, Mexico

8. Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico

Abstract

Graphical abstract Coinfections occurring within a single sample can be detected by exploring all mutations in a genomic set as these have full profiles commonly observed in lower prevalence.

Funder

CONAHCYT

AHF Global Public Health Institute

Agence Nationale de Recherche sur le Sida et les Hépatites Virales

Publisher

Microbiology Society

Link

https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.001220?crawler=true&mimetype=application/pdf

Reference39 articles.

1. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology

2. Datos Abiertos Dirección General de Epidemiología Secretaría de Salud Gobierno,2023

3. GISAID’s Role in Pandemic Response

4. CoV-Spectrum: analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to identify and characterize new variants