Performance extraction and suitability analysis of multi- and many-core architectures for next generation sequencing secondary analysis

Author:

Misra Sanchit1,Pan Tony C2,Mahadik Kanak3,Powley George4,Vaidya Priya N.4,Vasimuddin Md1,Aluru Srinivas2

Affiliation:

1. Intel Corporation, Bangalore, KA, India

2. Georgia Institute of Technology

3. Adobe Systems

4. Intel Corporation

Funder

National Science Foundation

Intel Parallel Computing Center on Big Data in Biosciences and Public Health

Publisher

ACM

Reference74 articles.

1. D. R. Bentley S. Balasubramanian H. P. Swerdlow G. P. Smith J. Milton C. G. Brown K. P. Hall D. J. Evers C. L. Barnes H. R. Bignell J. M. Boutell J. Bryant R. J. Carter R. K. Cheetham A. J. Cox D. J. Ellis M. R. Flatbush N. A. Gormley S. J. Humphray L. J. Irving M. S. Karbelashvili S. M. Kirk H. Li X. Liu K. S. Maisinger L. J. Murray B. Obradovic T. Ost M. L. Parkinson M. R. Pratt I. M. Rasolonjatovo M. T. Reed R. Rigatti C. Rodighiero M. T. Ross A. Sabot S. V. Sankar A. Scally G. P. Schroth M. E. Smith V. P. Smith A. Spiridou P. E. Torrance S. S. Tzonev E. H. Vermaas K. Walter X. Wu L. Zhang M. D. Alam C. Anastasi I. C. Aniebo D. M. Bailey I. R. Bancarz S. Banerjee S. G. Barbour P. A. Baybayan V. A. Benoit K. F. Benson C. Bevis P. J. Black A. Boodhun J. S. Brennan J. A. Bridgham R. C. Brown A. A. Brown D. H. Buermann A. A. Bundu J. C. Burrows N. P. Carter N. Castillo M. C. E. Catenazzi S. Chang R. N. Cooley N. R. Crake O. O. Dada K. D. Diakoumakos B. Dominguez-Fernandez D. J. Earnshaw U. C. Egbujor D. W. Elmore S. S. Etchin M. R. Ewan M. Fedurco L. J. Fraser K. V. F. Fajardo W. S. Furey D. George K. J. Gietzen C. P. Goddard G. S. Golda P. A. Granieri D. E. Green D. L. Gustafson N. F. Hansen K. Harnish C. D. Haudenschild N. I. Heyer M. M. Hims J. T. Ho A. M. Horgan K. Hoschler S. Hurwitz D. V. Ivanov M. Q. Johnson T. James T. A. H. Jones G. D. Kang T. H. Kerelska A. D. Kersey I. Khrebtukova A. P. Kindwall Z. Kingsbury P. I. Kokko-Gonzales A. Kumar M. A. Laurent C. T. Lawley S. E. Lee X. Lee A. K. Liao J. A. Loch M. Lok S. Luo R. M. Mammen J. W. Martin P. G. McCauley P. McNitt P. Mehta K. W. Moon J. W. Mullens T. Newington Z. Ning B. L. Ng S. M. Novo M. J. O'Neill M. A. Osborne A. Osnowski O. Ostadan L. L. Paraschos L. Pickering A. C. Pike A. C. Pike D. C. Pinkard D. P. Pliskin J. Podhasky V. J. Quijano C. Raczy V. H. Rae S. R. Rawlings A. C. Rodriguez P. M. Roe J. Rogers M. C. R. Bacigalupo N. Romanov A. Romieu R. K. Roth N. J. Rourke S. T. Ruediger E. Rusman R. M. Sanches-Kuiper M. R. Schenker J. M. Seoane R. J. Shaw M. K. Shiver S. W. Short N. L. Sizto J. P. Sluis M. A. Smith J. E. S. Sohna E. J. Spence K. Stevens N. Sutton L. Szajkowski C. L. Tregidgo G. Turcatti S. Vandevondele Y. Verhovsky S. M. Virk S. Wakelin G. C. Walcott J. Wang G. J. Worsley J. Yan L. Yau M. Zuerlein J. Rogers J. C. Mullikin M. E. Hurles N. J. McCooke J. S. West F. L. Oaks P. L. Lundberg D. Klenerman R. Durbin and A. J. Smith. Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. nature 456(7218): 53--59 2008. D. R. Bentley S. Balasubramanian H. P. Swerdlow G. P. Smith J. Milton C. G. Brown K. P. Hall D. J. Evers C. L. Barnes H. R. Bignell J. M. Boutell J. Bryant R. J. Carter R. K. Cheetham A. J. Cox D. J. Ellis M. R. Flatbush N. A. Gormley S. J. Humphray L. J. Irving M. S. Karbelashvili S. M. Kirk H. Li X. Liu K. S. Maisinger L. J. Murray B. Obradovic T. Ost M. L. Parkinson M. R. Pratt I. M. Rasolonjatovo M. T. Reed R. Rigatti C. Rodighiero M. T. Ross A. Sabot S. V. Sankar A. Scally G. P. Schroth M. E. Smith V. P. Smith A. Spiridou P. E. Torrance S. S. Tzonev E. H. Vermaas K. Walter X. Wu L. Zhang M. D. Alam C. Anastasi I. C. Aniebo D. M. Bailey I. R. Bancarz S. Banerjee S. G. Barbour P. A. Baybayan V. A. Benoit K. F. Benson C. Bevis P. J. Black A. Boodhun J. S. Brennan J. A. Bridgham R. C. Brown A. A. Brown D. H. Buermann A. A. Bundu J. C. Burrows N. P. Carter N. Castillo M. C. E. Catenazzi S. Chang R. N. Cooley N. R. Crake O. O. Dada K. D. Diakoumakos B. Dominguez-Fernandez D. J. Earnshaw U. C. Egbujor D. W. Elmore S. S. Etchin M. R. Ewan M. Fedurco L. J. Fraser K. V. F. Fajardo W. S. Furey D. George K. J. Gietzen C. P. Goddard G. S. Golda P. A. Granieri D. E. Green D. L. Gustafson N. F. Hansen K. Harnish C. D. Haudenschild N. I. Heyer M. M. Hims J. T. Ho A. M. Horgan K. Hoschler S. Hurwitz D. V. Ivanov M. Q. Johnson T. James T. A. H. Jones G. D. Kang T. H. Kerelska A. D. Kersey I. Khrebtukova A. P. Kindwall Z. Kingsbury P. I. Kokko-Gonzales A. Kumar M. A. Laurent C. T. Lawley S. E. Lee X. Lee A. K. Liao J. A. Loch M. Lok S. Luo R. M. Mammen J. W. Martin P. G. McCauley P. McNitt P. Mehta K. W. Moon J. W. Mullens T. Newington Z. Ning B. L. Ng S. M. Novo M. J. O'Neill M. A. Osborne A. Osnowski O. Ostadan L. L. Paraschos L. Pickering A. C. Pike A. C. Pike D. C. Pinkard D. P. Pliskin J. Podhasky V. J. Quijano C. Raczy V. H. Rae S. R. Rawlings A. C. Rodriguez P. M. Roe J. Rogers M. C. R. Bacigalupo N. Romanov A. Romieu R. K. Roth N. J. Rourke S. T. Ruediger E. Rusman R. M. Sanches-Kuiper M. R. Schenker J. M. Seoane R. J. Shaw M. K. Shiver S. W. Short N. L. Sizto J. P. Sluis M. A. Smith J. E. S. Sohna E. J. Spence K. Stevens N. Sutton L. Szajkowski C. L. Tregidgo G. Turcatti S. Vandevondele Y. Verhovsky S. M. Virk S. Wakelin G. C. Walcott J. Wang G. J. Worsley J. Yan L. Yau M. Zuerlein J. Rogers J. C. Mullikin M. E. Hurles N. J. McCooke J. S. West F. L. Oaks P. L. Lundberg D. Klenerman R. Durbin and A. J. Smith. Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. nature 456(7218): 53--59 2008.

2. Illumina. HiSeqX™ Series of Sequencing Systems. URL https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet-hiseq-x-ten.pdf. Illumina. HiSeqX™ Series of Sequencing Systems. URL https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet-hiseq-x-ten.pdf.

3. Big Data: Astronomical or Genomical?

4. Md Vasimuddin Sanchit Misra and Srinivas Aluru. Identification of significant computational building blocks through comprehensive investigation of NGS secondary analysis methods. {Preprint} bioRXiv April 2018. Md Vasimuddin Sanchit Misra and Srinivas Aluru. Identification of significant computational building blocks through comprehensive investigation of NGS secondary analysis methods. {Preprint} bioRXiv April 2018.

5. Identification of common molecular subsequences

Cited by 5 articles. 订阅此论文施引文献 订阅此论文施引文献,注册后可以免费订阅5篇论文的施引文献,订阅后可以查看论文全部施引文献

1. CUDASW++4.0: Ultra-fast GPU-based Smith-Waterman Protein Sequence Database Search;2023-10-11

2. AnySeq/GPU;Proceedings of the 36th ACM International Conference on Supercomputing;2022-06-28

3. LISA: Learned Indexes for Sequence Analysis;2020-12-22

4. Accelerating Sequence Alignment to Graphs;2019-05-27

5. Efficient Architecture-Aware Acceleration of BWA-MEM for Multicore Systems;2019 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS);2019-05

同舟云学术

1.学者识别学者识别

2.学术分析学术分析

3.人才评估人才评估

"同舟云学术"是以全球学者为主线,采集、加工和组织学术论文而形成的新型学术文献查询和分析系统,可以对全球学者进行文献检索和人才价值评估。用户可以通过关注某些学科领域的顶尖人物而持续追踪该领域的学科进展和研究前沿。经过近期的数据扩容,当前同舟云学术共收录了国内外主流学术期刊6万余种,收集的期刊论文及会议论文总量共计约1.5亿篇,并以每天添加12000余篇中外论文的速度递增。我们也可以为用户提供个性化、定制化的学者数据。欢迎来电咨询!咨询电话:010-8811{复制后删除}0370

www.globalauthorid.com

TOP

Copyright © 2019-2024 北京同舟云网络信息技术有限公司
京公网安备11010802033243号  京ICP备18003416号-3