CREATION OF DNA PROBES FOR PHYSICAL MAPPING OF GENES/MARKERS ON THE PHYSICAL CHROMOSOMES OF ONION (ALLIUM CEPA L.)

Abstract

Технологии секвенирования и сборки геномов продвинулись далеко вперед за последние 10 лет, что позволяет осуществлять сборку de novo видов растений с крупными геномами таких как лук репчатый. Размер генома лука репчатого составляет 16 Gb с огромным содержанием повторяющихся последовательностей (около 92-95%). При сборке генома de novo обычно используются генетические карты, которые строятся на основе статистического анализа числа рекомбинаций. Это может повлиять на точность упорядочения и ориентации скэффолдов внутри хромосомы, особенно в области подавления рекомбинации. Genome sequencing and assembly technologies have advanced greatly over the past 10 years, allowing de novo assembly of plant species with large genomes, such as the onion. The size of the onion genome is 16 Gb with a huge content of repetitive sequences (about 92-95%). When assembling the genome de novo, genetic maps are usually used, which are built on the basis of a statistical analysis of the number of recombinations. This can affect the accuracy of ordering and orientation of scaffolds within a chromosome, especially in the region of recombination suppression.