Variation of the calpain 1 p.Ala316Gly genotypes in Turkish Grey Steppe and Anatolian Black bulls

Abstract

Kalpain 1 (CAPN1) geni, mikromolar kalsiyum–aktive nötral proteaz geni olarak bilinir ve postmortem koşullarda miyofibriler proteinleri indirgeyen kalsiyum bağımlı sistein proteazı, μ-kalpaini ayrıştırır. Bu genin kas metabolizması ve gelişimi üzerinde önemli etkileri vardır. Bu gen, çeşitli sığır ırkları arasında geniş çapta çalışılmış olmasına rağmen, Türk yerli sığırları hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle bu çalışma, bazı Türk yerli sığır ırklarında CAPN1 p.Ala316Gly polimorfizmine ait genetik varyasyonu belirlemeyi amaçlamıştır. Bu kapsamda 99 Boz ve 41 Yerli Kara ırkı erkek sığır PCR-RFLP metodu kullanılarak genotiplendirilmiştir. Genotipik ve alelik frekanslar, Hardy-Weinberg dengesi (HWE), heterozigotluk (He), polimorfizm bilgi içeriği (PIC), efektif alel sayısı (Ne), fiksasyon indeksi (Fıs), olası varyasyon gerçekleşme düzeyi (%V) dahil olmak üzere popülasyon genetik parametreleri değerlendirilmiştir. Ayrıca Shannon-Weaver indeksi, Simpson dominantlık indeksi ve Gini katsayısını içeren biyoçeşitlilik indeksleri hesaplanmıştır. Sonuçlar, GG genotipinin her iki yerli ırkta da oldukça baskın olduğunu ortaya koydu. Öte yandan, toplam popülasyonda CC genotipinin bulunmadığı gözlenmiştir. Bu durum dikkate değer düzeyde düşük C allel frekansıyla sonuçlanmıştır (Boz ve Yerli Kara için sırasıyla 0.13 ve 0.12). Fisher’ın kesin testi, HWE’den sapma oldğunu, popülasyon genetiği parametreleri ise, incelenen ırklarda oldukça düşük bir genetik varyasyon düzeyi olduğunu göstermiştir. Bu gözlem, düşük seviyedeki biyolojik çeşitlilik seviyeleri ile desteklenmiştir. Nitekim CAPN1 markörü, Boz ve Yerli Kara sığırları için düşük seviyede bilgilendiricilik göstermiştir ancak Türkiye’deki yerli sığır ırklarının genetik karakterizasyonu hakkında ileride yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır. Yerli ırklarda yapılacak moleküler genetik çalışmalar, önemli biyolojik süreçlerle ilgili daha geniş perspektifleri ortaya koymak ve büyüme, kas gelişimi ve yem verimliliği gibi kompleks özelliklerin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için teşvik edilmelidir.