Antiviral peptidlerin SARS COV-2 ana proteaz yapısına bağlanma etkinliklerinin protein-yanaştırma yöntemi ile incelenmesi: In silico bir çalışma-Reference-Cited by-同舟云学术

Antiviral peptidlerin SARS COV-2 ana proteaz yapısına bağlanma etkinliklerinin protein-yanaştırma yöntemi ile incelenmesi: In silico bir çalışma

Published:2022-09-27 Issue: Volume: Page:
ISSN:2718-062X
Container-title:Frontiers in Life Sciences and Related Technologies
language:en
Short-container-title:Front Life Sci RT

Author:

DEMİRHAN İlter¹,ÖNER Erkan²^ORCID,BELGE KURUTAS Ergul³^ORCID

Affiliation:

1. HARRAN ÜNİVERSİTESİ, SAĞLIK HİZMETLERİ MESLEK YÜKSEKOKULU

2. MERSİN ÜNİVERSİTESİ, TIP FAKÜLTESİ

3. KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ, TIP FAKÜLTESİ

Abstract

Virüsler günümüzde hastalıklarının önemli etkenleri arasında yer almaktadır. Viral hastalıklar için tasarlanan tedavilerin yetersizliği yeni tedavi yöntemlerinin tasarlanması ihtiyacını doğurmaktadır. 2019 yılında ortaya çıkan COVID-19 (SARS COV-2) de yeni antiviral ajanların ihtiyacı olduğu görülmüştür. Yapılan çalışmalar sonucu sunulan raporlarda viral direncin artığı görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, antiviral/antimikrobiyal etkinliğe sahip peptidlerin SARS COV-2 ana proteaz yapısında protein-peptid yanaştırma yöntemiyle araştırılmasıdır. Antiviral aktiviteye sahip antimikrobiyal peptidlerin sayısı hala düşük olsada, hali hazırda farmasötik olarak temin edilebilen antiviral ilaçlar olma yolunda muazzam bir potansiyel göstermektedir. Antiviral etkinliğe sahip alloferon 1, e ctry2801, temporin 1ta, dermaseptin s4, clavanin b, magainin b2 ve magainin b1 peptidlerinin SARS COV-2 ana proteaz (PDB ID:6LU7) yapısında protein çalışması CABSDOCK ile yapılmıştır. Magainin B2 ve peptid ctyr2801 peptidleri bağlanmalarının yüksek düzeyde olduğu, Alloferon 1 ve Magainin B1 in orta düzeyde bağlanma afinitesinin olduğu, termorin 1ta, dermaseptin s4 ve clavanin B’nin düzey düzeyde bağlanma afinitesine sahip olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlarımıza göre; Peptid ctyr2801 ve Magainin B2’nin, SARS COV-2 ana proteaz yapısında in vivo çalışmalara ve diğer çalışmalara öncülük edeceği düşünülmektedir.

Publisher

Frontiers in Life Sciences and Related Technologies

Subject

General Earth and Planetary Sciences,General Environmental Science

Reference52 articles.

1. Altmann, S. E., Brandt, C. R., Jahrling, P. B., & Blaney, J. E. (2012). Antiviral activity of the EB peptide against zoonotic poxviruses. Virology Journal, 9(1), 1-6.

2. Araf, Y., Akter, F., Tang, Y. D., Fatemi, R., Parvez, M. S. A., Zheng, C., & Hossain, M. G. (2022). Omicron variant of SARS‐COV‐2: genomics, transmissibility, and responses to current COVID‐19 vaccines. Journal of Medical Virology, 94(5), 1825-1832.

3. Badani, H., Garry, R. F., & Wimley, W. C. (2014). Peptide entry inhibitors of enveloped viruses: the importance of interfacial hydrophobicity. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes, 1838(9), 2180-2197.

4. Barlow, P. G., Findlay, E. G., Currie, S. M., & Davidson, D. J. (2014). Antiviral potential of cathelicidins. Future Microbiology, 9(1), 55-73.

5. Cantatore, A., Randall, S. D., Traum, D., & Adams, S. D. (2013). Effect of black tea extract on herpes simplex virus-1 infection of cultured cells. BMC Complementary and Alternative Medicine, 13(1), 1-10.