Novel risk loci for COVID-19 hospitalization among admixed American populations-Reference-Cited by-同舟云学术

Novel risk loci for COVID-19 hospitalization among admixed American populations

Published:2024-09-05 Issue: Volume: Page:
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Diz-de Almeida Silvia¹²³⁴,Cruz Raquel¹²³⁴,Luchessi Andre D⁵,Lorenzo-Salazar José M⁶,de Heredia Miguel López²,Quintela Inés⁷,González-Montelongo Rafaela⁶,Silbiger Vivian N⁵,Porras Marta Sevilla²⁸,Tenorio Castaño Jair Antonio²⁸⁴,Nevado Julian²⁸⁴,Aguado Jose María⁹¹⁰¹¹¹²,Aguilar Carlos¹³,Aguilera-Albesa Sergio³¹⁴,Almadana Virginia¹⁵,Almoguera Berta¹⁶²,Alvarez Nuria¹⁷,Andreu-Bernabeu Álvaro¹⁸¹¹,Arana-Arri Eunate¹⁹²⁰,Arango Celso¹⁸²¹¹¹,Arranz María J²²,Artiga Maria-Jesus²³,Baptista-Rosas Raúl C²⁴²⁵²⁶,Barreda- Sánchez María²⁷²⁸,Belhassen-Garcia Moncef²⁹³⁰,Bezerra Joao F³¹,Bezerra Marcos AC³²,Boix-Palop Lucía³³,Brion María³⁴³⁵,Brugada Ramón³⁶³⁷³⁵³⁸,Bustos Matilde³⁹,Calderón Enrique J³⁹⁴⁰⁴¹,Carbonell Cristina⁴²³⁰,Castano Luis¹⁹⁴³²⁴⁴⁴⁵,Castelao Jose E⁴⁶,Conde-Vicente Rosa⁴⁷,Cordero-Lorenzana M Lourdes⁴⁸,Cortes-Sanchez Jose L⁴⁹⁵⁰,Corton Marta¹⁶²,Darnaude M Teresa⁵¹,De Martino-Rodríguez Alba⁵²⁵³,del Campo-Pérez Victor⁵⁴,de Bustamante Aranzazu Diaz⁵¹,Domínguez-Garrido Elena⁵⁵,Eirós Rocío⁵⁶,Fariñas María Carmen⁵⁷⁵⁸⁵⁹,Fernandez-Nestosa María J⁶⁰,Fernández-Robelo Uxía⁶¹,Fernández-Rodríguez Amanda⁶²¹²,Fernández-Villa Tania⁶³⁴¹,Gago-Domínguez Manuela⁷⁶⁴,Gil-Fournier Belén⁶⁵,Gómez-Arrue Javier⁵²⁵³,Álvarez Beatriz González⁵²⁵³,Bernaldo de Quirós Fernan Gonzalez⁶⁶,González-Neira Anna¹⁷,González-Peñas Javier¹⁸¹¹²¹,Gutiérrez-Bautista Juan F⁶⁷,Herrero María José⁶⁸⁶⁹,Herrero-Gonzalez Antonio⁷⁰,Jimenez-Sousa María A⁶²¹²,Lattig María Claudia⁷¹⁷²,Borja Anabel Liger⁷³,Lopez-Rodriguez Rosario¹⁶²⁷⁴,Mancebo Esther⁷⁵⁷⁶,Martín-López Caridad⁷³,Martín Vicente⁶³⁴¹,Martinez-Nieto Oscar⁷⁷⁷²,Martinez-Lopez Iciar⁷⁸⁷⁹,Martinez-Resendez Michel F⁴⁹,Martinez-Perez Ángel⁸⁰,Mazzeu Juliana F⁸¹⁸²⁸³,Macías Eleuterio Merayo⁸⁴,Minguez Pablo¹⁶²,Cuerda Victor Moreno⁸⁵⁸⁶,Oliveira Silviene F⁸⁷⁸⁸⁸³⁸⁹,Ortega-Paino Eva²³,Parellada Mara¹⁸²¹¹¹,Paz-Artal Estela⁷⁵⁷⁶⁹⁰,Santos Ney PC⁹¹,Pérez-Matute Patricia⁹²,Perez Patricia⁹³,Pérez-Tomás M Elena²⁷,Perucho Teresa⁹⁴,Pinsach-Abuin Mel·lina³⁶³⁵,Pita Guillermo¹⁷,Pompa-Mera Ericka N⁹⁵⁹⁶,Porras-Hurtado Gloria L⁹⁷,Pujol Aurora⁹⁸²⁹⁹,León Soraya Ramiro⁶⁵,Resino Salvador⁶²¹²,Fernandes Marianne R⁹¹¹⁰⁰,Rodríguez-Ruiz Emilio¹⁰¹⁶⁴,Rodriguez-Artalejo Fernando¹⁰²¹⁰³⁴¹¹⁰⁴,Rodriguez-Garcia José A¹⁰⁵,Ruiz-Cabello Francisco⁶⁷¹⁰⁶¹⁰⁷,Ruiz-Hornillos Javier¹⁰⁸¹⁰⁹¹¹⁰,Ryan Pablo¹¹¹¹¹²¹¹³¹²,Soria José Manuel⁸⁰,Souto Juan Carlos¹¹⁴,Tamayo Eduardo¹¹⁵¹¹⁶¹²,Tamayo-Velasco Alvaro¹¹⁷,Taracido-Fernandez Juan Carlos⁷⁰,Teper Alejandro¹¹⁸,Torres-Tobar Lilian¹¹⁹,Urioste Miguel¹²⁰,Valencia-Ramos Juan¹²¹,Yáñez Zuleima¹²²,Zarate Ruth¹²³,de Rojas Itziar¹²⁴¹²⁵,Ruiz Agustín¹²⁴¹²⁵,Sánchez Pascual¹²⁶,Real Luis Miguel¹²⁷, ,Guillen-Navarro Encarna²⁷¹²⁸¹²⁹¹³⁰,Ayuso Carmen¹⁶²,Parra Esteban¹³¹,Riancho José A⁵⁷⁵⁸⁵⁹²,Rojas-Martinez Augusto¹³²,Flores Carlos⁶¹³³¹³⁴¹³⁵,Lapunzina Pablo²⁸⁴,Carracedo Ángel¹²⁷⁶⁴

Affiliation:

1. Centro Singular de Investigación en Medicina Molecular y Enfermedades Crónicas (CIMUS), Universidade de Santiago de Compostela

2. CIBERER, ISCIII

3. Pediatric Neurology Unit, Department of Pediatrics, Navarra Health Service Hospital

4. ERN-ITHACA-European Reference Network

5. Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Departamento de Analises Clinicas e Toxicologicas

6. Genomics Division, Instituto Tecnológico y de Energías Renovables

7. Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica, Sistema Galego de Saúde (SERGAS) Santiago de Compostela

8. Instituto de Genética Médica y Molecular (INGEMM), Hospital Universitario La Paz-IDIPAZ

9. Unit of Infectious Diseases, Hospital Universitario 12 de Octubre, Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12)

10. Spanish Network for Research in Infectious Diseases (REIPI RD16/0016/0002), Instituto de Salud Carlos III

11. School of Medicine, Universidad Complutense

12. CIBERINFEC, ISCIII

13. Hospital General Santa Bárbara de Soria

14. Navarra Health Service, NavarraBioMed Research Group

15. Hospital Universitario Virgen Macarena

16. Department of Genetics & Genomics, Instituto de Investigación Sanitaria-Fundación Jiménez Díaz University Hospital - Universidad Autónoma de Madrid (IIS-FJD, UAM)

17. Spanish National Cancer Research Centre, Human Genotyping-CEGEN Unit

18. Department of Child and Adolescent Psychiatry, Institute of Psychiatry and Mental Health, Hospital General Universitario Gregorio Marañón (IiSGM)

19. Biocruces Bizkai HRI

20. Cruces University Hospital

21. Centre for Biomedical Network Research on Mental Health (CIBERSAM), Instituto de Salud Carlos III

22. Fundació Docència I Recerca Mutua Terrassa

23. Spanish National Cancer Research Center, CNIO Biobank

24. Hospital General de Occidente

25. Centro Universitario de Tonalá, Universidad de Guadalajara

26. Centro de Investigación Multidisciplinario en Salud, Universidad de Guadalajara

27. Instituto Murciano de Investigación Biosanitaria (IMIB-Arrixaca)

28. Universidad Católica San Antonio de Murcia (UCAM)

29. Hospital Universitario de Salamanca-IBSAL, Servicio de Medicina Interna-Unidad de Enfermedades Infecciosas

30. Universidad de Salamanca

31. Escola Tecnica de Saúde, Laboratorio de Vigilancia Molecular Aplicada

32. Federal University of Pernambuco, Genetics Postgraduate Program

33. Hospital Universitario Mutua Terrassa

34. Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago (IDIS), Xenética Cardiovascular, Santiago de Compostela

35. CIBERCV, ISCIII

36. Cardiovascular Genetics Center, Institut d’Investigació Biomèdica Girona (IDIBGI)

37. Medical Science Department, School of Medicine, University of Girona

38. Hospital Josep Trueta, Cardiology Service

39. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)- University of Seville- Virgen del Rocio University Hospital

40. Departamento de Medicina, Hospital Universitario Virgen del Rocío, Universidad de Sevilla

41. CIBERESP, ISCIII

42. Hospital Universitario de Salamanca-IBSAL, Servicio de Medicina Interna

43. Osakidetza, Cruces University Hospital

44. Centre for Biomedical Network Research on Diabetes and Metabolic Associated Diseases (CIBERDEM), Instituto de Salud Carlos III

45. University of Pais Vasco, UPV/EHU

46. Oncology and Genetics Unit, Instituto de Investigacion Sanitaria Galicia Sur, Xerencia de Xestion Integrada de Vigo-Servizo Galego de Saúde

47. Hospital Universitario Río Hortega

48. Servicio de Medicina intensiva, Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña (CHUAC), Sistema Galego de Saúde (SERGAS)

49. Tecnológico de Monterrey

50. Otto von Guericke University, Departament of Microgravity and Translational Regenerative Medicine

51. Hospital Universitario Mostoles, Unidad de Genética

52. Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud (IACS)

53. Instituto Investigación Sanitaria Aragón (IIS-Aragon)

54. Preventive Medicine Department, Instituto de Investigacion Sanitaria Galicia Sur, Xerencia de Xestion Integrada de Vigo-Servizo Galego de Saúde

55. Unidad Diagnóstico Molecular. Fundación Rioja Salud

56. Hospital Universitario de Salamanca-IBSAL

57. IDIVAL

58. Universidad de Cantabria

59. Hospital U M Valdecilla

60. Universidad Nacional de Asunción

61. Urgencias Hospitalarias, Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña (CHUAC), Sistema Galego de Saúde (SERGAS)

62. Unidad de Infección Viral e Inmunidad, Centro Nacional de Microbiología (CNM), Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)

63. Grupo de Investigación en Interacciones Gen-Ambiente y Salud (GIIGAS) - Instituto de Biomedicina (IBIOMED), Universidad de León

64. IDIS

65. Hospital Universitario de Getafe

66. Ministerio de Salud Ciudad de Buenos Aires

67. Hospital Universitario Virgen de las Nieves

68. IIS La Fe, Plataforma de Farmacogenética

69. Universidad de Valencia, Departamento de Farmacología

70. Data Analysis Department, Instituto de Investigación Sanitaria-Fundación Jiménez Díaz University Hospital - Universidad Autónoma de Madrid (IIS-FJD, UAM)

71. Universidad de los Andes, Facultad de Ciencias

72. SIGEN Alianza Universidad de los Andes - Fundación Santa Fe de Bogotá

73. Hospital General de Segovia, Medicina Intensiva

74. Facultad de Farmacia, Universidad San Pablo-CEU, CEU Universities, Urbanización Montepríncipe

75. Hospital Universitario 12 de Octubre, Department of Immunology

76. Instituto de Investigación Sanitaria Hospital 12 de Octubre (imas12), Transplant Immunology and Immunodeficiencies Group

77. Fundación Santa Fe de Bogota, Departamento Patologia y Laboratorios

78. Unidad de Genética y Genómica Islas Baleares

79. Hospital Universitario Son Espases, Unidad de Diagnóstico Molecular y Genética Clínica

80. Genomics of Complex Diseases Unit, Research Institute of Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, IIB Sant Pau

81. Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina

82. Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas (UnB)

83. Programa de Pós-Graduação em Ciencias da Saude (UnB)

84. Hospital El Bierzo, Unidad Cuidados Intensivos

85. Hospital Universitario Mostoles, Medicina Interna

86. Universidad Francisco de Vitoria

87. Departamento de Genética e Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília

88. Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal (UnB)

89. Programa de Pós-Graduação Profissional em Ensino de Biologia (UnB)

90. Universidad Complutense de Madrid, Department of Immunology, Ophthalmology and ENT

91. Universidade Federal do Pará, Núcleo de Pesquisas em Oncologia

92. Infectious Diseases, Microbiota and Metabolism Unit, CSIC Associated Unit, Center for Biomedical Research of La Rioja (CIBIR)

93. Inditex

94. GENYCA

95. Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Centro Médico Nacional Siglo XXI, Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Infecciosas y Parasitarias

96. Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Centro Médico Nacional La Raza. Hospital de Infectología

97. Clinica Comfamiliar Risaralda

98. Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL), Neurometabolic Diseases Laboratory, L’Hospitalet de Llobregat

99. Catalan Institution of Research and Advanced Studies (ICREA)

100. Hospital Ophir Loyola, Departamento de Ensino e Pesquisa

101. Unidad de Cuidados Intensivos, Hospital Clínico Universitario de Santiago (CHUS), Sistema Galego de Saúde (SERGAS)

102. Department of Preventive Medicine and Public Health, School of Medicine, Universidad Autónoma de Madrid

103. IdiPaz (Instituto de Investigación Sanitaria Hospital Universitario La Paz)

104. IMDEA-Food Institute, CEI UAM+CSIC

105. Complejo Asistencial Universitario de León

106. Instituto de Investigación Biosanitaria de Granada (ibs GRANADA)

107. Universidad de Granada, Departamento Bioquímica, Biología Molecular e Inmunología III

108. Hospital Infanta Elena

109. Instituto de Investigación Sanitaria-Fundación Jiménez Díaz University Hospital - Universidad Autónoma de Madrid (IIS-FJD, UAM)

110. Faculty of Medicine, Universidad Francisco de Vitoria

111. Hospital Universitario Infanta Leonor

112. Complutense University of Madrid

113. Gregorio Marañón Health Research Institute (IiSGM)

114. Haemostasis and Thrombosis Unit, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, IIB Sant Pau

115. Hospital Clinico Universitario de Valladolid, Servicio de Anestesiologia y Reanimación

116. Universidad de Valladolid, Departamento de Cirugía

117. Hospital Clinico Universitario de Valladolid, Servicio de Hematologia y Hemoterapia

118. Hospital de Niños Ricardo Gutierrez

119. Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud

120. Spanish National Cancer Research Centre, Familial Cancer Clinical Unit

121. University Hospital of Burgos

122. Universidad Simón Bolívar, Facultad de Ciencias de la Salud

123. Centro para el Desarrollo de la Investigación Científica

124. Research Center and Memory clinic, ACE Alzheimer Center Barcelona, Universitat Internacional de Catalunya

125. Centre for Biomedical Network Research on Neurodegenerative Diseases (CIBERNED), Instituto de Salud Carlos III

126. CIEN Foundation/Queen Sofia Foundation Alzheimer Center

127. Hospital Universitario de Valme, Unidad Clínica de Enfermedades Infecciosas y Microbiología

128. Sección Genética Médica - Servicio de Pediatría, Hospital Clínico Universitario Virgen de la Arrixaca, Servicio Murciano de Salud

129. Departamento Cirugía, Pediatría, Obstetricia y Ginecología, Facultad de Medicina, Universidad de Murcia (UMU)

130. Grupo Clínico Vinculado, Centre for Biomedical Network Research on Rare Diseases (CIBERER), Instituto de Salud Carlos III

131. Department of Anthropology, University of Toronto at Mississauga

132. Tecnologico de Monterrey, Escuela de Medicina y Ciencias de la Salud

133. Research Unit, Hospital Universitario Nuestra Señora de Candelaria, Instituto de Investigación Sanitaria de Canarias

134. Centre for Biomedical Network Research on Respiratory Diseases (CIBERES), Instituto de Salud Carlos III

135. Department of Clinical Sciences, University Fernando Pessoa Canarias, Las Palmas de Gran Canaria

Abstract

The genetic basis of severe COVID-19 has been thoroughly studied, and many genetic risk factors shared between populations have been identified. However, reduced sample sizes from non-European groups have limited the discovery of population-specific common risk loci. In this second study nested in the SCOURGE consortium, we conducted a GWAS for COVID-19 hospitalization in admixed Americans, comprising a total of 4,702 hospitalized cases recruited by SCOURGE and seven other participating studies in the COVID-19 Host Genetic Initiative. We identified four genome-wide significant associations, two of which constitute novel loci and were first discovered in Latin American populations ( BAZ2B and DDIAS ). A trans-ethnic meta-analysis revealed another novel cross-population risk locus in CREBBP . Finally, we assessed the performance of a cross-ancestry polygenic risk score in the SCOURGE admixed American cohort. This study constitutes the largest GWAS for COVID-19 hospitalization in admixed Latin Americans conducted to date. This allowed to reveal novel risk loci and emphasize the need of considering the diversity of populations in genomic research.

Publisher

eLife Sciences Publications, Ltd

Link

https://elifesciences.org/reviewed-preprints/93666v2/pdf

Reference62 articles.

1. A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

2. GWAS and meta-analysis identifies 49 genetic variants underlying critical COVID-19 |. no date. Nature. https://www.nature.com/articles/s41586-023-06034-3.

3. Mapping the human genetic architecture of COVID-19;Niemi;Nature,2021

4. Genomics is failing on diversity;Popejoy;Nature,2016

5. The Missing Diversity in Human Genetic Studies;Sirugo;Cell,2019