Türkiye ZYMV İzolatlarının CI Protein Gen Bölgelerinin Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Kabak sarı mozaik virüsü (ZYMV), kabakgillerde yoğun mozaik semptomlarına ve şekil bozukluğuna neden olan ekonomik açıdan önemli bir viral etmendir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye’de farklı illerden (Ankara, Antalya, Burdur, Konya, Karaman, Aksaray) elde edilen ZYMV izolatlarının silindirik inklüzyon (CI) protein dizilerine göre karakterize edilmesi ve Potyvirüslerde protein üzerinde korunan alanların belirlenmesidir. Bu amaçla CI protein bölgesine spesifik primerler ile moleküler çalışmalar ve dizi analizleri yapılmıştır. Çalışma sonunda, Türk ZYMV'nin CI proteini 888 nükleotid uzunluğunda ve 296 amino asit (aa) olan N uç kısmı çoğaltılmıştır. CI bölgesinin nükleotid dizilerinin filogenetik analizi, izolatların (40) çoğunluğunun Avrupa ve dünyada en yaygın olan büyük bir moleküler alt grubuna (A1) ve üç izolatın (Y4, Y21, Y23) A5 alt grubuna ait olduğunu göstermiştir. Ayrıca, kılıf proteini nükleotid analizine göre, bu üç izolat (Y4, Y21, Y23), Avrupa'da son zamanlarda ortaya çıkan grup olan A4 moleküler alt grubu ile gruplanmıştır. CI ZYMV nükleotid bağlama motifi (NTBM) ve RNA helikaz aktivite bölgesinin (beş motif) aa analizine göre izolatlar arasında korunduğu görülmüştür.