Resistencia a antibióticos generada mediante mutaciones cromosómicas en aislados de Escherichia coli provenientes de coprocultivos de niños de una comunidad de Lima, Perú

Abstract

Escherichia coli es una enterobacteria que forma parte del microbioma intestinal de los mamíferos y es capaz de causar diversas enfermedades, especialmente en poblaciones vulnerables. Adicionalmente, la emergencia de variantes de E.coli resistentes a los antibióticos supone una creciente amenaza global para la salud pública. Esta resistencia, usualmente codificada por múltiples genes, que codifican para la expresión de enzimas, proteínas de membrana, porinas, bombas de flujo o mutaciones de la molécula diana. Investigaciones recientes han reportado mutaciones específicas asociadas a resistencia, como qnr, pmrB, glpT, y la variante bla (C32T). El objetivo de este estudio fue identificar la frecuencia de mutaciones cromosómicas que otorgan resistencia antibiótica en genomas de E. coli provenientes de niños en el distrito de Villa El Salvador en Lima, Perú. Un total de 19 genomas completos de E. coli fueron descargados a partir del Bioproyecto PRJNA633873 ubicado en GenBank de NCBI. Después de convertir y evaluar la calidad de las lecturas con FastQC, se realizó un ensamblaje mediante SPAdes v3.15.2 y evaluación de contigs a través de QUAST v5.0.2. Se identificaron perfiles genómicos de tipo de secuencia multilocus (MLST) con PubMLST y buscamos genes de resistencia con AMRFinderPlus. Finalmente, analizamos los patrones de genes y la ausencia/presencia de estos mediante MCA, usando Stata v17 y R studio. Un total de 11 genomas presentaron un total de siete mutaciones en genes asociados a resistencia a cuatro familias de antibióticos, incluyendo glpT (E448) para fosfomicina, pmrB (Y358) para colistina, gyrA (S83L) y parC_S57T para quinolonas, blaTEMp (C32T) para amoxicilina con ácido clavulánico y piperacilina-tazobactam, y cyaA (S352T) para fosmidomicina. Se evaluaron las relaciones proximales para la presencia/ausencia de genes  que incluyó los genes blaTEM, catA1, sul1, qnrB19, tetA y mphA. Nuestro estudio describe por primera vez las mutaciones en genes asociados a la resistencia antimicrobiana en genomas de E. coli provenientes de población pediátrica de una comunidad en Lima, Perú.