GENETIC STRUCTURE OF HOLSTEIN AND JERSEY CATTLE SUBPOPULATIONS IN SOUTHERN REGIONS OF RUSSIA BY MICROSATELLITE LOCI

Abstract

Изучена генетическая структура субпопуляций голштинской и джерсейской пород (n=2000) ряда хозяйств Краснодарского и Ставропольского краев по микросателлитным локусам: BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53. Определены количество гомозиготных и гетерозиготных животных по обозначенным выше локусам, наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность, индекс фиксации (Fis), породоспецифичные и часто встречающиеся аллели. Частота встречаемости уникальных для представленной выборки джерсейской породы аллельных вариантов локуса TGLA122 — аллель 181 составляет 0,4%, и TGLA227 — аллель 101 — 6,1%.У голштинских животных выявлены аллельные варианты, которые не встречались у джерсеев: для локуса ETH3 — аллели 127 (15,7%) и 129 (30,2%), локуса INRA023 — аллель 202 (17,6%), SPS115 — аллель 258 (1,2%), TGLA126 — аллель 119 (1,1%), TGLA122 — аллель 183 (7,1%), TGLA53 — аллели 158 (24,2%), 176 (8,5%), 184 (8,6%) и 186 (10,1%). Самая высокая частота встречаемости в группе джерсейских животных была у аллеля 135 локуса ВМ2113 (81,3%), а в группе голштинов — у аллеля 117 локуса TGLA126 (63,6%). У голштинского скота оказалось выше аллельное разнообразие. Среднее количество аллелей на локус у джерсеев составило 5,8±0,8, у голштинов — 9,0±1,7. Однако число информативных аллелей (т.е. встречающихся с частотой от 5% и выше) практически одинаково в обеих выборках (3,8 и 3,9 соответственно). Полученные профили можно использовать в популяционных исследованиях и в практической работе по отнесению тех или иных групп скота к голштинской или джерсейской породам The genetic structure of subpopulations of Holstein and Jersey breeds (n=2000) of a number of farms of Krasnodar and Stavropol territories was studied by microsatellite loci: BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53. The number of homozygous and heterozygous animals according to the loci indicated above, observed and expected heterozygosity, fixation index (Fis), breed-specific and frequently occurring alleles were determined. The frequency of occurrence of allelic variants of the locus TGLA122 — allele 181, unique for the presented sample of the Jersey breed, is 0.4%, and TGLA227 — allele 101 is 6.1%. Holstein animals revealed allelic variants that were not found in Jerseys: for the ETH3 locus - alleles 127 (15.7%) and 129 (30.2%), locus INRA023 — allele 202 (17.6%), SPS115 — allele 258 (1.2%), TGLA126 — allele 119 (1.1%), TGLA122 — allele 183 (7.1%), TGLA53 — alleles 158 (24,2%), 176 (8,5%), 184 (8,6%) and 186 (10.1%). The highest frequency of occurrence in the group of Jersey animals was in the allele 135 of the VM2113 locus (81.3%), and in the Holstein group — in the allele 117 of the TGLA126 locus (63.6%). Holstein cattle had higher allelic diversity. Thus, the average number of alleles per locus in Jerseys was 5.8±0.8, and in Holsteins —9.0±1.7. However, the number of informative alleles (i.e. occurring with a frequency of 5% and higher) is almost the same in both samples (3.8 and 3.9, respectively). The obtained profiles can be used in population studies and in practical work on the attribution of certain groups of cattle to the Holstein or Jersey breeds