The Catalan initiative for the Earth BioGenome Project: contributing local data to global biodiversity genomics-Reference-Cited by-同舟云学术

The Catalan initiative for the Earth BioGenome Project: contributing local data to global biodiversity genomics

Published:2024-07-02 Issue:3 Volume:6 Page:
ISSN:2631-9268
Container-title:NAR Genomics and Bioinformatics
language:en
Short-container-title:

Author:

Corominas Montserrat¹²³^ORCID,Marquès-Bonet Tomàs⁴⁵⁶⁷,Arnedo Miquel A⁸⁹,Bayés Mònica⁶¹⁰,Belmonte Jordina¹¹¹²,Escrivà Hector¹³,Fernández Rosa⁴,Gabaldón Toni⁵¹⁴¹⁵¹⁶^ORCID,Garnatje Teresa¹⁷¹⁸,Germain Josep¹⁹,Niell Manel²⁰,Palero Ferran²¹,Pons Joan²²,Puigdomènech Pere³²³,Aguilera Laura,Cámara Francisco,Gómez-Garrido Jèssica,Cruz Fernando,Sánchez-Escudero Ignacio,Altaba Cristian R,Alves Rui,Arboleda Enrique,Capa Maria,Triginer Laura,Arbona Vicent,Avila Conxita,Baldo Laura,Enguidanos Alba,Prófumo Andrea,Wangesteen Owen S,Barceló-Serra Margarida,Botigué Laura,Monfort Amparo,Burriel-Carranza Bernat,Carranza Salvador,del Campo Javier,Mochales-Riaño Gabriel,Palmada-Flores Marc,Candela Héctor,Cañestro Cristian,Carreras Carlos,Domènech Marc,Galià-Camps Carles,Guirao-Rico Sara,Lozano-Fernández Jesús,Pascual Marta,Pegueroles Cinta,Sánchez-Gracia Alejandro,Carretero Miguel A,Grau Oriol,Garrido Romina,Grau-Bové Xavier,Hermoso Toni,Kim Iana,Jurado-Rivera José A,Lalueza-Fox Carles,Ledoux Jean-Baptiste,Logares Ramiro,Massana Ramon,Piferrer Francesc,Mauri Juli,Mesquita-Joanes Francesc,Monrós Juan S,Pellicer Jaume,Peñuelas Josep,Roquet Cristina,Ruiz-Herrera Aurora,Torruella Guifré,Turón Xavier,Ventura Marc,Arroyo Vanesa²⁰,Cuevas-Caballé Cristian¹⁹,Obiol Joan Ferrer²⁴,Gut Ivo⁶¹⁰,Gut Marta⁶¹⁰,Hidalgo Oriane¹⁶²⁵,Izquierdo-Arànega Guillem¹⁹,Pérez-Sorribes Laia¹⁷²⁶,Righi Emilio²⁷,Riutort Marta¹⁹^ORCID,Vallès Joan³⁹²⁸,Rozas Julio¹⁹^ORCID,Alioto Tyler⁶¹⁰,Guigó Roderic³²⁷²⁹,

Affiliation:

1. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística, Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona (UB) , 08028 Barcelona , Catalonia, Spain

2. Institut de Biomedicina (IBUB), Universitat de Barcelona (UB) , 08028 Barcelona , Catalonia, Spain

3. Institut d’Estudis Catalans (IEC) , 08001 Barcelona , Catalonia, Spain

4. Institute of Evolutionary Biology (IBE , UPF-CSIC), PRBB, 08003 Barcelona , Spain

5. Catalan Institution of Research and Advanced Studies (ICREA) , 08010 Barcelona , Spain

6. Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG) , 08028 Barcelona , Spain

7. Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont, Universitat Autònoma de Barcelona , 08193 Cerdanyola del Vallès, Barcelona , Spain

8. Departament de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals, Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona (UB) , 08028 Barcelona , Catalonia, Spain

9. Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio), Universitat de Barcelona (UB) , 08028 Barcelona , Catalonia, Spain

10. Universitat de Barcelona (UB) , 08028 Barcelona, Spain

11. Departament de Biologia Animal, Biologia Vegetal i Ecologia, Facultat de Biociències, Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) , 08193 Bellaterra, Catalonia, Spain

12. Institut de Ciència i Tecnologia Ambientals (ICTA-UAB), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) , 08193 Bellaterra, Catalonia, Spain

13. Sorbonne Université , CNRS, Biologie Intégrative des Organismes Marins, BIOM, F- 66650 , Banyuls-sur-Mer, France

14. Barcelona Supercomputing Centre (BSC-CNS) , 08034 Barcelona , Spain

15. Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology , 08028 Barcelona , Spain

16. CIBER de Enfermedades Infecciosas, Instituto de Salud Carlos III , Madrid , Spain

17. Institut Botànic de Barcelona (IBB) , CSIC-CMCNB, 08038 Barcelona , Catalonia, Spain

18. Jardí Botànic Marimurtra - Fundació Carl Faust , 17300 Blanes , Catalonia, Spain

19. Institució Catalana d’Història Natural , 08001 Barcelona , Catalonia, Spain

20. Andorra Recerca + Innovació (ARI) , AD600 Sant Julià de Lòria, Andorra

21. Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBIBE) , Paterna , Valencia , Spain

22. Departament de Biodiversitat Animal i Microbiana, Institut Mediterrani d’Estudis Avançats (CSIC-UIB) , 07190 Esporles, Illes Balears, Spain

23. Centre de Recerca en Agrigenòmica, CSIC/IRTA/UAB/UB , 08193 Bellaterra, Catalonia, Spain

24. Department of Environmental Science and Policy, University of Milan , Milan , Italy

25. Royal Botanic Gardens, Kew , TW9 3DS Richmond , UK

26. Estación Biológica de Doñana, CSIC , 41092 Sevilla, Spain

27. Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology , 08003 Barcelona , Catalonia, Spain

28. Laboratori de Botànica (UB), Unitat Associada al CSIC, Facultat de Farmàcia i Ciències de l’Alimentació, Universitat de Barcelona , 08028 Barcelona , Catalonia, Spain

29. Universitat Pompeu Fabra (UPF) , 08003 Barcelona , Catalonia, Spain

Abstract

Abstract The Catalan Initiative for the Earth BioGenome Project (CBP) is an EBP-affiliated project network aimed at sequencing the genome of the >40 000 eukaryotic species estimated to live in the Catalan-speaking territories (Catalan Linguistic Area, CLA). These territories represent a biodiversity hotspot. While covering less than 1% of Europe, they are home to about one fourth of all known European eukaryotic species. These include a high proportion of endemisms, many of which are threatened. This trend is likely to get worse as the effects of global change are expected to be particularly severe across the Mediterranean Basin, particularly in freshwater ecosystems and mountain areas. Following the EBP model, the CBP is a networked organization that has been able to engage many scientific and non-scientific partners. In the pilot phase, the genomes of 52 species are being sequenced. As a case study in biodiversity conservation, we highlight the genome of the Balearic shearwater Puffinus mauretanicus, sequenced under the CBP umbrella.

Funder

Institut d'Estudis Catalans

Barcelona Zoo

Departament d'Acció Climàtica

Alimentació i Agenda Rural of the Generalitat de Catalunya

Euroregion Pirineus Mediterrània

Universitat de Barcelona

Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica

Spanish Ministry of Science and Innovation

Instituto de Salud Carlos III

Departament de Salut and the Departament de Recerca i Universitats

Publisher