Örnekleme Yöntemi Mısır Tohumlarından İzole Edilen DNA Miktarı ve Kalitesini Nasıl Etkiler?

Abstract

DNA izolasyonu, moleküler analizler için temel adımlardan biridir. Bu adımda elde edilen DNA'nın miktarı ve saflığı, moleküler analiz içeren çalışmalarda önemlidir. Mısır genetik çalışmalarından elde edilen sonuçlar, tohumun endosperm kısmından alınan doku örnekleri üzerinde moleküler analizler yapılabileceğini ve güvenilir sonuçlar alınabileceğini ortaya koymuştur. Ancak, açıkta tozlanma nedeniyle yüksek oranda genetik çeşitlilik gösteren mısır popülasyonları için tohum örneklemesinin sayısı ve yöntemi konusunda hala farklı öneriler bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı i) tohum dokusu örneklerinden izole edilen DNA miktarını ve kalitesini örnek sayısına bağlı olarak karşılaştırmak ve ii) örneklenen tohumlardaki canlılık durumunu belirlemektir. Çalışmada 11 yerel mısır genotipi ve 2 standart hat (B73 ve Mo17) tohum materyali olarak kullanmıştır. Genotiplere ait 30’ar adet tohum örneğinin endosperm kısmından ayrı ayrı kesilerek alınan (çipleme) parçalar ile tekli, 10’lu, 20’li ve 30’lu olmak üzere 4 alt örnek grubu oluşturulmuştur. Bu örnekler üzerinde CTAB metodu kullanılarak DNA izolasyonu yapılmıştır. Örneklerin DNA içeriği ve saflıkları Nano-Drop cihazı kullanılarak belirlenmiştir. Araştırma bulgularına göre, örneklerin DNA miktarları 2,2 ng ile 1243 ng arasında değişmiştir. Saflık değerleri ise 1,41 ile 2,03 arasında (A260/A280) değişmiştir. Tek tohum örneklerinden elde edilen DNA saflığı diğer gruplardan daha düşük olmasına rağmen, bir araya getirilmiş örneklerde DNA saflığı benzerlik göstermiştir. Örneklenen tohumların çimlenme oranları %55 ile %100 arasında değişmiştir. Bu örnekleme yönteminin küçük tohumlu popülasyonlarda risk taşıyabileceği belirlenmiştir. Çalışmadan elde edilen DNA örnekleri, SSR primerleri kullanılarak genetik benzerlik analizlerine tabi tutulacak ve elde edilen sonuçlar bu alanda çalışan araştırmacılarla paylaşılacaktır.