Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації

Abstract

Одержано середні за усіма можливими конформерами канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів (молекул 5'-дезоксицитидилової, 5'-тимідилової,5'-дезоксиаденілової та 5'-дезоксигуанілової кислот) значення ефективних зарядів їхніх атомів та знайдено відповідні середньоквадратичні відхилення. Показано, що зазначені відхилення для атомів вуглецю можуть перевищувати середнє значення їхнього заряду. Проаналізовано можливість відтворення дипольного моменту конформерів за допомогою усереднених атомних зарядів і виявлено, що нехтування залежністю ефективних атомних зарядів від конформації молекули може приводити до похибок модуля дипольного моменту, більших за 100%. Одержані результати можуть бути використані для вдосконалення електростатичних складових існуючих силових полів.