Phân tích mối tương quan trên toàn bộ hệ gene đối với tính trạng màu sắc hạt gạo lức và độ trở hồ các giống lúa mùa ở Đồng bằng sông Cửu Long

Abstract

Nghiên cứu được thực hiện nhằm tìm hiểu mối tương quan giữa tính trạng màu sắc hạt gạo lức và cấp độ trở hồ, đồng thời xác định mối tương quan giữa tính trạng hình thái và phẩm chất đối với các đặc điểm di truyền (các đa hình nucleotide đơn – SNP) để xác định được các SNP ứng viên cho việc đánh giá màu sắc hạt gạo lức cũng như cấp độ trở hồ. Màu sắc hạt gạo lức được mô tả cảm quan. Cấp độ trở hồ của 65 giống lúa mùa được đánh giá bằng phương pháp sinh hóa. Dung dịch KOH 1,7% (w/v) được sử dụng để đánh giá độ trở hồ của các giống lúa ở nhiệt độ phòng trong 23 giờ. Các số liệu của hai tính trạng này được kết hợp với số liệu 24.946 SNP để phân tích mối tương quan trên toàn bộ hệ gene (GWAS) thông qua mô hình tuyến tính tổng quát (GLM). Kết quả 18 SNP được xác định là ứng viên cho tính trạng màu sắc hạt gạo lức ở nhiễm sắc thể 6, 8 và 12; trong đó, có 5 SNP ứng viên định vị trên 5 gene khác nhau liên quan đến tính trạng này. Qua đó, kiểu allele GCTCGCATAAGATTTT được xác định ở 16 SNP ứng viên có liên quan đến tính trạng màu trắng đục của hạt gạo lức. Đối với tính trạng độ trở hồ, chỉ có 2 SNP ứng viên được tìm thấy. Trong đó, SNP ứng viên S08_10088669 có liên quan đến nhiệt hóa hồ thấp với allele G.