Opredelenie prognosticheski znachimoj signatury DNK-metilirovaniya u pacientok s razlichnymi tipami raka molochnoj zhelezy

Abstract

Rak molochnoj zhelezy (RMZH) — naibolee chasto diagnostiruemoe onkologicheskoe zabolevanie i odna iz vedushchih prichin smertnosti sredi zhenskogo naseleniya. Razrabotka prognosticheskih modelej s ispol'zovaniem mul'tiomiksnyh dannyh yavlyaetsya glavnoj cel'yu precizionnoj onkologii. Aberrantnoe metilirovanie DNK v RMZH predstavlyaet soboj informativnyj marker kancerogeneza. Nesmotrya na sushchestvuyushchie faktory prognoza RMZH, vvedenie markerov metilirovaniya pozvolit poluchat' bolee tochnuyu prognosticheskuyu ocenku. Cel'yu raboty bylo izuchit' signatury metilirovaniya DNK v razlichnyh podtipah RMZH dlya klinicheskih konechnyh tochek i kliniko-patologicheskih harakteristik pacientok. Dannye ob urovnyah metilirovaniya CpG-dinukleotidov (zondov) i klinicheskie harakteristiki obrazcov RMZH byli polucheny iz bazy dannyh The Cancer Genome Atlas Breast Cancer. S pomoshch'yu metoda odnomernoj regressii Koksa byli vybrany CpG-dinukleotidy, associirovannye s vybrannymi konechnymi tochkami. Metodom LASSO osushchestvlyali poisk stabil'nyh zondov, a dal'nejshee postroenie signatur i nezavisimost' klinicheskih harakteristik vypolnyali s pomoshch'yu mnogofaktornoj regressii Koksa. Diagnosticheskij i prognosticheskij potencial signatur ocenivali s pomoshch'yu metoda ROC-analiza i krivyh Kaplan–Majera. Pokazano, chto signatury otobrannyh zondov obladayut znachimym diagnosticheskim (AUC ot 0,76 do 1) i prognosticheskim (p < 0,05) potencialom. S pomoshch'yu dannogo podhoda udalos' identificirovat' 47 genov, svyazannyh s horoshim i plohim prognozom, iz kotoryh pyat' uzhe byli opisany ranee. Pri nalichii rezul'tatov shirokogenomnogo analiza DNK primenennyj issledovatel'skij podhod mozhno ispol'zovat' dlya izucheniya ne tol'ko molekulyarnogo patogeneza RMZH, no i dlya drugih zabolevanij.