ВАЛІДАЦІЯ РЕЗУЛЬТАТІВ ГЕНОТИПУВАННЯ СВИНЕЙ З ВИКОРИСТАННЯМ МАРКЕРІВ МІТОХНДРІАЛЬНОЇ ДНК

Abstract

У статті наведено спосіб підтвердження трансфікованності чужорідної ДНК, що призводить до змішаного ДНК-профілю досліджуванного об’єкта. Встановлення ДНК-профілю – це процес в котрому відповідний зразок ДНК, отриманий від свині (тканина, кров, щетина, тощо.) піддається дослідженню на встановлення походження праматеринських порід досліджуванних свиней. Не дивлячись на те, що Sus scrofa є унікальним біологічним об’єктом, більша частина ДНК насправді ідентична до ДНК інших представників Sus scrofa. Однак, саме конкретні регіони полісайтової системи вказують на відмінність між породами представників підвидів дикої свині та одомашненої, що свідчить про внутріпородний поліморфізм мітохондріального геному. Кожен представник Sus scrofa успадковує унікальну комбінацію поліморфізмів від батьків. З огляду на це, метою дослідження стало провести валідацію результатів генотипування свиней з використанням поліморфізму маркерів мітохондріальної ДНК, проаналізувати отриманні данні для ідентифікації профілю ДНК гібридних свиней (велика біла × ландрас) × Maxgro. Типування ДНК для ідентифікації мітохондріального геному гібридних свиней проводено шляхом дослідження зразків щетини (n=9) та епітеліальної тканини (n=28) з вуха свиней. Виявленні слідові відбитки дають об’єктивне свідчення, що дозволяє охарактеризувати відбитки трупної ДНК від інших біологічних об’єктів, виявлених на «місці злочину» при відборі зразків під час забою свиней на м’ясокомбінаті «Глобино». Виділення ДНК з щетини проводили з використанням іонообмінної смоли Chelex-100. Однак, підтвердити результати генотипування не вдалося, у зв’язку з тим, що у досліджуваних зразках при забої на м’ясокомбінаті були виявлені відбитки чужорідної ДНК. Про це свідчить високочуттєвий метод ПЛР-аналізу та гідроліз ендонуклеазою TasI досліджуваного варіабельного сайту D-петлі мтДНК гібридних свиней, отриманий хибно-позитивний результат елоктрофореграми показав змішані ДНК-профілі. Перед виділенням ДНК із епітеліальної тканини вуха свиней, досліджувані зразки були піддані обробці вогнем із сухого спирту. Виділення ДНК із епітеліальної тканини проводили сорбентним методом з використанням набору реагентів «ДНК-сорб-Б». Ідентифіковані наступні гаплотипи: 9 свиней з гаплотипом C – підвид дикої свині, ландрас, гемпшир, уельс (Україна, Польща, Франція); 5 свиней є представниками підвиду диких свиней, порід велика біла, уельс (Італія) з гаплотипом G; 5 свиней є носіями гаплотипу O – ландрас, дика свиня (Швеція) згруповані до європейського кластеру гаплогрупи E (E1 та E2); 11 свиней з гаплотипом N є представниками великої білої породи та дикої свині азійського типу, відносяться до азійського кластеру A(D). Отже, важливим фактором, що визначає валідацію результатів генотипування свиней за допомогою мітохондріальних ДНК-маркерів є не скільки метод екстрагування ДНК, а істинний у чистоті досліджуванний зразок господаря для встановлення чіткої експертизи мітохондріального геному.