Statistical Evaluation of Metaproteomics and 16S rRNA Amplicon Sequencing Techniques for Study of Gut Microbiota Establishment in Infants with Cystic Fibrosis-Reference-Cited by-同舟云学术

Statistical Evaluation of Metaproteomics and 16S rRNA Amplicon Sequencing Techniques for Study of Gut Microbiota Establishment in Infants with Cystic Fibrosis

Published:2022-12-21 Issue:6 Volume:10 Page:
ISSN:2165-0497
Container-title:Microbiology Spectrum
language:en
Short-container-title:Microbiol Spectr

Author:

Saralegui Claudia¹²³,García-Durán Carmen⁴,Romeu Eduardo⁵,Hernáez-Sánchez María Luisa⁵,Maruri Ainhize¹²³,Bastón-Paz Natalia¹²³,Lamas Adelaida³⁶,Vicente Saioa³⁶,Pérez-Ruiz Estela⁷,Delgado Isabel⁸,Luna-Paredes Carmen⁹,Caballero Juan de Dios¹²³,Zamora Javier¹⁰,Monteoliva Lucía⁴⁵^ORCID,Gil Concepción⁴⁵,del Campo Rosa¹²³¹¹^ORCID

Affiliation:

1. Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria, Madrid, Spain

2. CIBERINFEC, Madrid, Spain

3. Unidad de Fibrosis Quística, Hospital Universitario Ramón y Cajal, Madrid, Spain

4. Departamento de Microbiología y Parasitología, Universidad Complutense de Madrid and Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria, Madrid, Spain

5. Unidad de Proteómica, Universidad Complutense de Madrid, Madrid, Spain

6. Servicio de Pediatría, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria, Madrid, Spain

7. Unidad de Fibrosis Quística, Hospital Regional Universitario de Málaga, Málaga, Spain

8. Unidad de Fibrosis Quística, Hospital Virgen del Rocío, Seville, Spain

9. Sección de Neumología y Alergia Infantil, Unidad Multidisciplinar Fibrosis Quística, Hospital Doce de Octubre, Madrid, Spain

10. Unidad de Bioestadística, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria and CIBERESP, Madrid, Spain

11. Universidad Alfonso X El Sabio, Madrid, Spain

Abstract

In recent years, some techniques have been incorporated for the study of microbial ecosystems, being 16S rRNA gene sequencing being the most widely used. Metaproteomics provides the advantage of identifying the interaction between microorganisms and human cells, but the available databases are less extensive as well as imprecise.

Funder

MEC | Instituto de Salud Carlos III

Fundación Mutua Madrileña

Vertex Pharmaceuticals

Ministerio de Asuntos Económicos y Transformación Digital, Gobierno de España

Comunidad de Madrid

Publisher

American Society for Microbiology

Subject

Infectious Diseases,Cell Biology,Microbiology (medical),Genetics,General Immunology and Microbiology,Ecology,Physiology

Link

https://journals.asm.org/doi/pdf/10.1128/spectrum.01466-22