COVID-19-Associated Pulmonary Aspergillosis, Fungemia, and Pneumocystosis in the Intensive Care Unit: a Retrospective Multicenter Observational Cohort during the First French Pandemic Wave-Reference-Cited by-同舟云学术

COVID-19-Associated Pulmonary Aspergillosis, Fungemia, and Pneumocystosis in the Intensive Care Unit: a Retrospective Multicenter Observational Cohort during the First French Pandemic Wave

Published:2021-10-31 Issue:2 Volume:9 Page:
ISSN:2165-0497
Container-title:Microbiology Spectrum
language:en
Short-container-title:Microbiol Spectr

Author:

Bretagne Stéphane¹²³^ORCID,Sitbon Karine¹,Botterel Françoise⁴,Dellière Sarah¹²³^ORCID,Letscher-Bru Valérie⁵,Chouaki Taieb⁶,Bellanger Anne-Pauline⁷,Bonnal Christine⁸,Fekkar Arnault⁹^ORCID,Persat Florence¹⁰,Costa Damien¹¹,Bourgeois Nathalie¹²,Dalle Frédéric¹³,Lussac-Sorton Florian¹⁴,Paugam André³¹⁵,Cassaing Sophie¹⁶,Hasseine Lilia¹⁷,Huguenin Antoine¹⁸,Guennouni Nadia¹⁹,Mazars Edith²⁰,Le Gal Solène²¹,Sasso Milène²²^ORCID,Brun Sophie²³,Cadot Lucile²⁴,Cassagne Carole²⁵,Cateau Estelle²⁶,Gangneux Jean-Pierre²⁷,Moniot Maxime²⁸,Roux Anne-Laure²⁹,Tournus Céline³⁰,Desbois-Nogard Nicole³¹,Le Coustumier Alain³²,Moquet Olivier³³,Alanio Alexandre¹²³^ORCID,Dromer Françoise¹^ORCID

Affiliation:

1. Institut Pasteur, Université de Paris, CNRS UMR2000, unité de Mycologie Moléculaire, Centre national de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, Paris, France

2. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Saint Louis, Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Paris, France

3. Université de Paris, Paris, France

4. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Hôpital Henri Mondor, Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne, Créteil, France

5. Service de Parasitologie et de Mycologie Médicale, CHU de Strasbourg, Strasbourg, France

6. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Amiens-Picardie, Amiens, France

7. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Besançon, Besançon, France

8. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Universitaire Bichat, Paris, France

9. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Groupe Hospitalier La Pitié-Salpêtrière, Service de Parasitologie Mycologie, Sorbonne Université, Inserm, CNRS, Centre d’Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Paris, France

10. Hospices Civils de Lyon, Service de Parasitologie et Mycologie Médicale, Hôpital de la Croix-Rousse, Lyon–Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France

11. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Charles-Nicolle, Rouen, France

12. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU de Montpellier, Montpellier, France

13. Laboratoire de Parasitologie Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon—Hôpital François Mitterrand, Dijon, France

14. Department of Parasitology, Bordeaux University Hospital, Bordeaux, France

15. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Hôpital Cochin, Paris, France

16. Service de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Purpan Toulouse, CHU Toulouse, Toulouse, France

17. Laboratoire de Parasitologie Mycologie CHU de Nice, Nice, France

18. Parasitologie Mycologie-Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Pôle de Biopathologie, CHU de Reims, Université de Reims Champagne Ardenne, Reims, France

19. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Service de Bactériologie, Virologie, Parasitologie et Hygiène, Hôpital Necker-Enfants Malades, IHU Imagine, Paris, France

20. CH de Valenciennes, Laboratoire de Microbiologie, Valenciennes, France

21. Laboratoire de Parasitologie et Mycologie, Hôpital de La Cavale Blanche, CHU de Brest, Brest, France

22. Laboratoire de Parasitologie Mycologie CHU Nîmes, Nîmes, France

23. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Laboratoire de Parasitologie Mycologie Hôpital Avicenne, Bobigny, France

24. Département d'Hygiène Hospitalière, CHU Montpellier, Montpellier, France

25. IHU Marseille—Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection, Marseille, France

26. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU de Poitiers, Poitiers, France

27. CHU de Rennes, Université de Rennes, Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail (IRSET), Rennes, France

28. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France

29. Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Hôpital Raymond Poincaré Garches, Hôpital Ambroise Paré, Boulogne Billancourt, France

30. Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier de Saint-Denis, Saint-Denis, France

31. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Martinique, Fort-de-France, La Martinique, France

32. Centre Hospitalier Intercommunal de Bigorre, Tarbes, France

33. Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier de Beauvais, Beauvais, France

Abstract

To diagnose fungal coinfections in patients with COVID-19 in the intensive care unit, it is necessary to implement the correct treatment and to prevent them if possible. For COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA), respiratory specimens remain the best approach since serum biomarkers are rarely positive.

Funder

Agence Nationale de la Recherche

Publisher

American Society for Microbiology

Subject

Infectious Diseases,Cell Biology,Microbiology (medical),Genetics,General Immunology and Microbiology,Ecology,Physiology

Link

https://journals.asm.org/doi/pdf/10.1128/Spectrum.01138-21

Reference46 articles.

1. Review of influenza-associated pulmonary aspergillosis in ICU patients and proposal for a case definition: an expert opinion

2. Invasive aspergillosis in patients admitted to the intensive care unit with severe influenza: a retrospective cohort study

3. A national strategy to diagnose COVID-19 associated invasive fungal disease in the ICU;White PL;Clin Infect Dis,2020