1. Institut Pasteur, Unité de Biologie des Bactéries Pathogènes à Gram-Positif, Paris, France; CNRS UMR3525, Paris, France
2. CIRI, International Center for Infectiology Research, Lyon, France
3. Inserm U1111, Lyon, France
4. Université Lyon 1, Lyon, France
5. École Normale Supérieure de Lyon, Lyon, France
6. CNRS UMR5308, Lyon, France
7. Institut Pasteur, Bioinformatics Platform, Paris, France
8. Laboratoire Biologie Intégrative des Populations, Evolution Moléculaire, École Pratique des Hautes Etudes, Paris, France
9. Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité, UMR-CNRS 7205, Muséum National d’Histoire Naturelle, Université Pierre et Marie Curie, École Pratique des Hautes Etudes, Sorbonne Universités, Paris, France
10. Institut Pasteur, Genomics Platform, Paris, France
11. Inserm UMR 1181 Biostatistics, Biomathematics, Pharmacoepidemiology and Infectious Diseases (B2PHI), Institut Pasteur, Versailles Saint-Quentin University, Paris, France