SAR Analysis and Molecular Modeling Study of Some Pyridazine Derivatives for Discovery of New CDK2 Inhibitors
-
Published:2022-08-20
Issue:
Volume:
Page:268-274
-
ISSN:1308-6529
-
Container-title:Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
-
language:tr
-
Short-container-title:SDÜ Fen Bil Enst Der
Author:
ENİSOĞLU ATALAY Vildan1, AYIK Yeşim1
Abstract
Doğada nadir olarak bulunan ve çoğu canlının yaşamı için elzem olan makro moleküllerin yapı taşları arasında yer alan piridazinler pek çok farklı biyolojik aktiviteye sahip olan bir heterosiklik bileşik ailesidir. Bu çalışmada Ünal ve grubu tarafından sentezlenen yeni 8 farklı piridazin türevi bileşiğin DNA replikasyonu gibi önemli hücresel süreçlerde rol alan ve bu nedenle aktivitesinde gözlenen anormalliklerin kanser patolojisi ile ilişkili olduğu belirlenen siklin bağımlı kinaz 2 (CDK2) inhibitörü olabilme potansiyellerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda bileşiklerin konformer taramaları SPARTAN’14 programı üzerinde yarı deneysel PM6 yöntemi ile, geometri optimizasyonları ve Yapı-Aktivite İlişkileri (SAR) analizleri ise HF/6-31G(d) yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Her bir bileşiğin çalışmanın amacı doğrultusunda seçilen aktif bölgelere moleküler kenetlenme işlemleri ise Autodock Tools-1.5.6 ve Autodock Vina programları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma sonucunda; incelenen bileşikler arasından en iyi afinite değerlerine sahip olan 1a2b (-10,8 kkal.mol-1) ve 1b2b (-10,5 kkal.mol-1) bileşiklerinin CDK2 inhibitörü olabilme potansiyellerinin yüksek olduğu belirlenmiş ve yeni antikanser ajanı ligandların tasarımında bu bileşiklerin öne çıkan özelliklerinin dikkate alınmasıyla birlikte ilgili ileri düzey çalışmaların yapılması gerektiği açığa çıkmıştır.
Publisher
SDU Journal of Natural and Applied Sciences
Reference24 articles.
1. [1] Menteşe, E., Yılmaz, F., Emirik, M., Ülker, S., Kahveci, B. 2018. Synthesis, molecular docking and biological evaluation of some benzimidazole derivatives as potent pancreatic lipase inhibitors. Bioorganic Chemistry, 76, 478–486. 2. [2] Alaşalvar, C., Soylu, M. S., Ünver, H., Ocak Iskeleli, N., Yildiz, M., Çiftçi, M., Banoǧlu, E. 2014. Crystal structure and DFT calculations of 5-(4-Chlorophenyl)-1-(6- methoxypyridazin-3-yl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid. Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, 132, 555–562. 3. [3] Arun, A. K., Mohan, K., Riyaz, S. 2013. Structure guided inhibitor designing of CDK2 and discovery of potential leads against cancer. Journal of Molecular Modeling, 19(9), 3581–3589. 4. [4] Otyepka, M., Kryštof, V., Havlíček, L., Siglerová, V., Strnad, M., Koča, J. 2000. Docking-based development of purine-like inhibitors of cyclin-dependent kinase-2. Journal of Medicinal Chemistry, 43(13), 2506–2513. 5. [5] Kumar, A., Zhang, K. Y. J. 2016. A pose prediction approach based on ligand 3D shape similarity. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 30(6), 457–469.
|
|