Caracterización molecular por secuenciación de nueva generación obtenida en biopsia líquida en una cohorte multicéntrica de pacientes con diagnóstico de cáncer de pulmón avanzado en Argentina

Abstract

La secuenciación de nueva generación (NGS) ha revolucionado el diagnóstico molecular del cáncer de pulmón. A pesar que el tejido tumoral ha sido históricamente el bioespecimen estándar, éste tiene algunas limitaciones. La biopsia líquida representa una alternativa no invasiva, práctica y reproducible para la genotipificación del cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP). Se presenta la caracterización molecular por NGS en plasma, descripción de alteraciones moleculares en genes potencialmente accionables y genes de potencial origen germinal y variantes potencialmente involucradas en el proceso de hematopoyesis clonal. Análisis retrospectivo, observacional, multicéntrico de cohorte de pacientes con diagnóstico de CPCNP no escamoso avanzado de 5 hospitales universitarios de Argentina a los que se les realizó biopsia líquida (FoundationLiquidCDx) entre junio y diciembre 2020. Se realizó la caracterización de oncogenicidad y accionabilidad según OncoKB, COSMIC y VarSome. Se incluyeron 52 pacientes; 43 muestras al diagnóstico y 9 a la progresión. La mediana de carga mutacional tumoral fue 3 mut/mb [0-172] en 39 muestras evaluables; inestabilidad microsatelital en 1 de 3 muestras evaluables. Se identificaron 254 alteraciones moleculares en 80 genes (n=50) y 33 alteraciones en 13 genes potencialmente accionables en el 49% de los pacientes (21/43) siendo las más frecuentes: KRAS 18.6% (8/43), NF1 11.6% (5/43) y EGFR 9.3% (4/43). Se identificaron 13 alteraciones con valor de frecuencia alélica > 40% en genes de potencial origen germinal (BRCA1, BRCA2, TP53, CSF3R y CHEK2). Este análisis aporta una descripción de la genotipificación por NGS en biopsia líquida de una cohorte de pacientes nuestra población.