Patates (Solanum Tuberosum) Bitkisindeki Aromatik Amino Asit Metabolik Yolağının Biyoinformatik Yaklaşımlarla İncelenmesi

Abstract

Aromatik amino asitler (AAA) şikimat metabolik yolu ile elde edilirler ve protein sentezinden sonra çeşitli ikincil metabolitler olan pigmentler, alkaloidler, hormonlar ve hücre duvarı parçaları gibi öncü maddelerin sentezinde kullanılmaktadırlar. AAA olan L-Trp, L-Phe ve L-Tyr amino asitleri korizmattan şikimat metabolik yolunun sonunda meydana gelmektedirler. Bu amino asitler özellike K1 ve B9 vitaminleri ile bitki savunma sisteminin önemli bir parçası olan salisilik asitin öncü maddeleridirler. AAA’ler hayvan hücrelerinde sentezlenemediğinden bitkisel kaynaklı yiyeceklerden karşılanması gerekmektedir. AAA ve türevlerinin bu önemli fonksiyonlarına rağmen, mikrobiyal çalışmalar dışında AAA metabolik yolu ve bu amino asitlerin bitkilerdeki düzenlenme mekanizması üzerine son derece sınırlı çalışmalar yapılmıştır. Bu nedenle bu çalışmada patates (Solanum tuberosum) bitkisinde AAA’lerin sentez mekanizmasında yer alan bazı genlerin hangi genlerle ilişkili olduğu dolayısıyla nasıl düzenlendiği biyoinformatik yaklaşımlarla incelenmiştir. Çalışmanın sonucunda AAA yolağındaki en önemli gen olan korizmat geni ile patates bitkisinde yer alan yaklaşık 39000 gen arasındaki ilişki ko-expresyon ağı ile belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma sonuçları şikimat yolağının anlaşılmasına katkı sunmaktadır.