Bestimmung der Endophyten im Blutungssaft der Rebe mittels Next Generation Sequencing

Abstract

Zusammenfassung Die Weinrebe stellt ein natürliches Reservoir ansässiger mikrobieller Ressourcen dar, die in ein komplexes Mikroökosystem eingebettet ist. Ziel dieser Studie war herauszufinden, welche Keime sich im Blutungssaft befinden. Die Gewinnung des Blutungssaftes erfolgte mittels einer sauberen, mit Alkohol desinfizierten PET-Flasche. Nach erfolgter Anreicherung wurde die DNA-Extraktion mit anschließender NGS-Analyse mit der Zielregion V1V3 untersucht und die erhaltenen Sequenzen mit der NCBI-Datenbank abgeglichen. Die dominantesten Gattungen in den Rebstöcken waren Pseudomonas und Massilia, gefolgt von den Gattungen Zoogloea, Bacillus, Idonella, Sphingomonas und Paenibacillus. Zusätzlich konnte der hefeähnliche Mikroorganismus Aureobasidium pullulans bei zwei Rebstöcken bestimmt werden sowie wenige andere Bakteriengattungen, die vereinzelt auftreten. Die literarisch beschriebene hemmende Interaktion zwischen Pseudomonas und Aureobasidium konnte auch in unserer Studie bestätigt werden. Alle im Blutungssaft bestimmten Mikroorganismen haben generell einen pflanzenstärkenden Einfluss und stellen eine Basis für eine Besiedlung in gewebespezifische Pflanzenteile dar.