Affiliation:
1. IZMIR UNIVERSITY OF ECONOMICS
Abstract
Kolanjiyokarsinom (CHOL) erken teşhis edilmesi zor olan ve oldukça yüksek düzeyde öldürücü bir kanser türüdür. CHOL tanısında radyolojik görüntülemede kısıtlılıklar mevcuttur ve biyopsi ile tanı yöntemi gibi invaziv tanı yöntemleri dışında genetik tabanlı ve özgün biyobelirteçlerin belirlenmesi zorunlu hale gelmektedir. Literatürde bu amaçlar gerçekleştirilen çalışmalar çalışmalardan farklı olarak bizim çalışmamızda öncelikle intrahepatik (iCHOL) ve ekstrahepatik (eCHOL) kolanjiyokarsinom hastalarında ortak upregüle olan genler belirlenmiştir. Ayrıca çalışmamızda klinikte CHOL kanserlerinin LIHC kanserinden ayırt edici tanısının zor olması sebebiyle CHOL hastalarında hepatoselüler karsinomdan (LICH) farklı olarak ve LIHC hastaları ile ortak olarak upregüle edilen genlerin tespit edilmesi de amaçlanmıştır. Hastaların gen yoğunluk verileri NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından (GSE121248, GSE132305 ve GSE45001) sağlanmıştır. Çalışmada R LIMMA paketinde yer alan lineer modelleme yöntemi kullanılarak kanserli olan ve olmayan örnekler arasında upregüle genler (differentially expressed genes-DEGs) tespit edilmiştir. Tespit edilen genlerin hangi biyolojik yolaklara etki ettiğini belirlemek için Gen seti zenginleştirme analizi (Fonksiyonel zenginleştirme analizi) (GSEA) ShinyGO 0.80 webtool kullanılarak yapılmıştır. Sonuçlarımıza göre CHOL hastalarında LIHC hastalarından farklı olarak upregüle edilen 4 gene (F2R, ITGA11, LAMC2 ve LAMB3) odaklanılmıştır. CHOL ve LIHC hastalarında ise ortak olarak upregüle edilen 2 gen (COL1A1, ITGA2) tespit edilmiştir. Söz konusu genlerinin ortak olarak işaret ettiği biyolojik yolaklar PI3K-Akt sinyal yolağı ve ekstraselüler matriks (ECM)-reseptör etkileşimi süreçleridir. Belirlenen genler ile protein-protein ve ilaç etkileşim çalışmaları sonuçları klinik denemeler ile desteklenip CHOL ile LIHC kanserlerinin ayırt edilmesinde etkin bir şekilde hedeflenebilecektir.
Funder
Maddi destek mevcut değildir.
Publisher
Celal Bayar Universitesi Saglık Bilimleri Enstitusu Dergisi
Reference19 articles.
1. 1. Bray F., Ferlay J., Soerjomataram I., Siegel R.L., Torre L.A., Jemal A. Global cancer statistics 2018: globocan estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA. A Cancer Journal for Clinicians, 2018, 68(6):394–424. https://doi.org/10.3322/caac.21492
2. 2. Aloia T., Pawlik T.M., Taouli B., et al. Intrahepatic bile ducts. In: AJCC Cancer Staging Manual, 8th ed, Amin MB (Ed), AJCC, Chicago. 2017, p.295.
3. 3. Khan S.A., Tavolari S., Brandi G. Cholangiocarcinoma: Epidemiology and risk factors. Liver Int. 2019, 39 Suppl 1:19-31. doi: 10.1111/liv.14095.
4. 4. Shin D.W., Moon S.H., Kim J.H. Diagnosis of Cholangiocarcinoma. Diagnostics (Basel). 2023, 8;13(2):233. doi: 10.3390/diagnostics13020233.
5. 5. Panjala, C., Sénécal, D., Bridges, M.D., Kim, G.P., Nakhleh, R.E., Nguyen, J.H., ve ark. The Diagnostic Conundrum and Liver Transplantation Outcome for Combined Hepatocellular‐Cholangiocarcinoma. American Journal of Transplantation 2010, 10: 1263–126. doi:10.1111/j.1600-6143.2010.03062.x