ГЕНОТИПИРОВАНИЕ КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ M. TUBERCULOSIS СРЕДИ ПОВТОРНЫХ СЛУЧАЕВ ТУБЕРКУЛЕЗА В КАЗАХСТАНЕ

Abstract

Қазақстанда туберкулез мәселесі әлі күнге дейін өзекті болып қалуда. Жылдан жылға дәріге-төзімді туберкулез формаларымен ауру деңгейінің жоғарылауы – аталған аурумен күресте негізгі мәселелердің бірі. Қазақстан дүниежүзінде туберкулезге қарсы қолданылатын ең тиімді бірінші қатардағы препараттар – изониазид пен рифампицинмен ассоциацияланған көптік дәріге төзімді туберкулез көрсеткіштері жоғары отыз мемлекеттер қатарына кіреді. Жұмыстың мақсаты MIRU-VNTR әдісін пайдалана отырып, Қазақстанда таралған туберкулездің қайталанған жағдайларының арасында M. tuberculosis клиникалық изоляттарының биологиялық әртүрлілігін бағалау болып табылады. Аталған зерттеу жұмысында рецидивтердің арасында 79 M. tuberculosis клиникалық изоляттары жиналды. M. tuberculosis клиникалық үлгілерін генотиптеу 12 MIRU локустары бойынша өткізілді. Барлық 12 локустың ПТР-амплификациясы реакцияға 5М бетаин қосу арқылы жүзеге асырылды. ПТР-өнімдері бромистік этидиймен боялған 1,5% агароздық гельде бөлінді. Содан кейін MIRU локустарындағы қайталанулар саны есептелді және әрбір M. tuberculosis клиникалық изолятына 12 саннан тұратын сандық профиль алынды. Жиналған M. tuberculosis клиникалық изоляттарының тұқымдастары MIRU-VNTRplus.org мәліметтер базасы көмегімен анықталды. Генотиптеу нәтижелері қайталанылған туберкулез жағдайларының арасында 88,6% (n=70) изоляттар Beijing тұқымдасына жататынын көрсетті. В Казахстане проблема туберкулеза остается актуальной. С каждым годом увеличивается уровень заболеваемости лекарственно-устойчивыми формами туберкулеза, что является главной преградой в борьбе с данным заболеванием. Казахстан является одной из тридцати стран в мире с высоким показателем туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью ассоциированного с лекарственной устойчивостью к самым эффективным противотуберкулезным препаратам первого ряда – изониазиду и рифампицину. Цель данной работы заключается в оценке биологического разнообразия клинических изолятов M. tuberculosis среди рецидивов в Казахстане с использованием MIRU-VNTR метода. В данном исследовании было собрано 79 клинических образцов M. tuberculosis среди повторных случаев туберкулеза из разных областей Казахстана. Генотипирование собранных клинических изолятов было проведено по 12 MIRUлокусам. ПЦР-амплификация всех 12 локусов была выполнена с добавлением в реакцию 5М бетаина. Разделение ПЦР-продуктов было проведено на 1,5% агарозном геле. Далее проводился подсчет тандемных повторов в MIRU локусах и был получен 12-ти значный цифровой профиль для каждого образца. M. tuberculosisсемейства собранных клинических изолятов были определены с помощью базы данных MIRU-VNTRplus.org. Результаты генотипирования показали, что 88,6% (n=70) изолятов среди рецидивов были отнесены к семейству Beijing. Tuberculosis still remains one of the important health issues in Kazakhstan. Extension of the incidence of drug-resistant forms every year is the main obstacle in the fight against the disease. Kazakhstan is one of the thirty countries on the planet with high rates of mulridrug-resistant tuberculosis associated with resistance to the most effective first-line antituberculosis drugs – isoniazid and rifampicin. Aim of this research is to evaluate biological diversity of clinical isolates of M. tuberculosis among recurrent tuberculosis cases in Kazakhstan by MIRU-VNTR method. 79 clinical isolates of M. tuberculosis were gathered from the patients with recurrent tuberculosis. Genotyping of the clinical samples was conducted by 12 MIRU loci. PCR amplification of 12 loci was done by addition of 5M betaine solution. PCR products were visualized on 1,5% agarose gel. Tandem repeats in the loci were calculated and the digital profile for every sample was obtained. M. tuberculosis families of the gathered clinical isolates were determined using MIRU-VNTRplus.org database. Genotyping results revealed that 88,6% of isolates (n=70) among recurrent cases were identified as the isolates of Beijing family.