In silico analysis of non-structural protein 12 sequences from SARS-COV-2 found in Manaus, Amazonas, Brazil, reveals mutations linked to higher transmissibility

Author:

ZANCHI FERNANDO B.1ORCID,FERREIRA GABRIEL EDUARDO M.2ORCID,MARIÚBA LUIS ANDRÉ M.3ORCID,GLÓRIA JULIANE C.4ORCID,NASCIMENTO VALDINETE A. DO5ORCID,SOUZA VICTOR C. DE5ORCID,CORADO ANDRÉ DE LIMA G.6ORCID,NASCIMENTO FERNANDA O. DO7ORCID,COSTA ÁGATHA KÉLLY A. DA8ORCID,DUARTE DÉBORA CAMILA G.8ORCID,SILVA GEORGE ALLAN V. DA8ORCID,MEJÍA MATILDE DEL CARMEN C.8ORCID,PESSOA KARINA P.7ORCID,GONÇALVES LUCIANA MARA F.9ORCID,BRANDÃO MARIA JÚLIA P.8ORCID,JESUS MICHELE S. DE8ORCID,SILVA MARINEIDE S. DA9ORCID,COSTA CRISTIANO F. DA9ORCID,NAVECA FELIPE G.10ORCID

Affiliation:

1. Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Fundação Universidade Federal de Rondônia (UNIR), Brazil; Instituto Nacional de Epidemiologia na Amazônia Ocidental - EPIAMO, Brazil

2. Fundação Universidade Federal de Rondônia (UNIR), Brazil; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia/Fiocruz, Brazil

3. Universidade Federal do Amazonas (PPGBIOTEC-UFAM), Brazil; Universidade Federal do Amazonas (PPGIBA-UFAM), Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Biologia da Interação Patógeno-Hospedeiro, Brazil

4. Universidade Federal do Amazonas (PPGBIOTEC-UFAM), Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Biologia da Interação Patógeno-Hospedeiro, Brazil

5. Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Rede Genômica de Vigilância em Saúde do Estado do Amazonas, Brazil

6. Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil

7. Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Biologia da Interação Patógeno-Hospedeiro, Brazil

8. Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil

9. Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas, Brazil

10. Universidade Federal do Amazonas (PPGIBA-UFAM), Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Fundação Oswaldo Cruz/Fiocruz, Brazil; Rede Genômica de Vigilância em Saúde do Estado do Amazonas, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Biologia da Interação Patógeno-Hospedeiro, Brazil

Publisher

FapUNIFESP (SciELO)

Reference34 articles.

1. COVID-19 no Brasil,2023

2. BLAST+: architecture and applications;CAMACHO C,2009

3. Identification of novel mutations in RNA-dependent RNA polymerases of SARS-CoV-2 and their implications on its protein structure;CHAND GB,2020

4. Mutations of SARS-CoV-2 nsp14 exhibit strong association with increased genome-wide mutation load;ESKIER D,2021

5. Protein structure modeling with MODELLER;ESWAR N;Methods in molecular biology (Clifton, NJ),2008

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