Identification of Mycobacterium Tuberculosis Genotypes and Linages by Real-Time PCR Method

Abstract

В связи с важностью детекции генотипов и генетических подтипов для изучения особенностей циркулирующей популяции M. tuberculosis в условиях демографических изменений и использования новых противотуберкулезных лекарственных средств необходимо разработать методы ускоренной идентификации актуальных для Беларуси генетических типов: Beijing, Beijing B0/W148, а также T (Т1), LAM (LAM 9), U, X, Manu 2, H4.С помощью ПЦР в реальном времени были исследованы изоляты M. tuberculosis (n=250) и распределены на принадлежащие к генотипу Beijing и не относящиеся к нему, последние были изучены с помощью разработанных методов ПЦР в реальном времени на наличие мутаций, специфичных для генотипов Haarlem, TUR, URAL. Проведена оценка возможности использования мутаций Gly594Glu в гене rpoC, Ala1075Thr в гене Rv1009, TCA940TGA в гене Rv1967 для идентификации генотипов Haarlem, TUR, Ural соответственно.Показана способность дифференцировать подтип Haarlem от других генетических вариантов по мутации Gly594Glu (GGG594GAG) в гене rpoC с использованием разработанных праймеров и парных зондов. Показана способность разработанных методов ПЦР в реальном времени дифференцировать мутантные и дикие аллели Rv1009 в 1075 нуклеотиде (GCG1075ACG) и в гене mce3B в 940 нуклеотиде TCA940TGA и на основании наличия мутаций идентифицироватьM. tuberculosis генетических подтипов TUR и Ural.Метод ПЦР в реальном времени может быть использован для быстрой идентификации генетических подтипов M. tuberculosis – Haarlem, TUR, Ural – по мутациям Gly594Glu в гене rpoC, Ala1075Thr в гене Rv1009, TCA940TGA в гене Rv1967 соответственно. Due to the importance of studies on genotyping of Mycobacterium tuberculosis to characterise circulating population of them under demographic changes and the use of new anti-TB drugs, itis actual to develop methods for rapid genotyping of M. tuberculosis than spoligotyping, RFLP- IS6110, MIRU-VNTR. The surveillance of such genotypes and linages as Beijing, Beijing B0 / W148 genotypes, T (T1), LAM (LAM 9), U, X, Manu 2, H4 are important for Belarus.M. tuberculosis isolates (n=250) were studied by real-time PCR and distributed into Beijing and non- Beijing groups; the latter was studied by real-time PCR for the presence of determinants specific for Haarlem, TUR, Ural genotypes such as mutations Gly594Glu in the rpoC gene, Ala1075Thr in the Rv1009 gene, TCA940TGA in the Rv1967 gene respectively. Validity of these mutations for Haarlem, TUR, Ural genotypes detection has been evaluated.The Haarlem subtype can be distinguished from other genetic lineages by the presence of Gly594Glu mutation (GGG594GAG) in the rpoC gene; it was confirmed by real time PCR with developed primers and linear hydrolysis probes. It was shown the ability to differentiate genetic linages TUR and Ural by mutation in the gene Rv1009 in position 1075 nt (GCG1075ACG) and in the mce3B gene in position 940 nt (TCA940TGA).Real-time PCR can be used for the rapid identification of M. tuberculosis genetic linages – Haarlem, TUR, Ural basing on the presence following mutations – Gly594Glu in the rpoC gene, Ala1075Thr in the Rv1009 gene, TCA940TGA in the Rv1967 gene, respectively.