Abstract
En los últimos años la demanda de la carne de cuyes (Cavia porcellus) ha crecido por la alta popularidad de la cocina peruana. Asimismo, muchos criadores están buscando formas de aumentar la producción a bajo costo y con un mayor rendimiento. Recientemente, el microbioma intestinal se ha asociado con varios procesos biológicos, siendo su composición o alteración relacionado con el desarrollo de ciertas enfermedades y/o ventajas transmitidas al hospedero (individuo). A fin de identificar, comprender y descubrir el potencial metabólico de microrganismos para la mejora digestión y absorción de nutrientes se desarrolló el presente estudio. En este estudio, 21 muestras del ciego de cuyes de las tres principales líneas de crianza (Andina, Inti y Perú) criados en un mismo ambiente fueron investigados utilizando la metodología de Shotgun-Metagenomics. Luego del análisis bioinformático solo ocho muestras pasaron los criterios de calidad. El reino bacteria, fue el más representado en el análisis. Se identificaron las diferencias entre las líneas de cuyes, en base a la abundancia relativa de bacterias en cada muestra. Las especies de bacterias encontradas como Bifidobacterium longum, Fibrobacter succinogenes, y Faecalibacterium prausnitzii, están envueltas en diversos procesos metabólicos, como la digestión y absorción de nutrientes de la celulosa y sintetizar moléculas beneficiosas para la buena salud del individuo. Las bacterias identificadas podrían representar un potencial en el desarrollo y elaboración de probioticos aplicados a la mejora del bienestar salubre y de producción de carne de cuyes en el Departamento de Amazonas.