Phylogenetic analysis of Helicobacter pylori strains circulating in Yakutia by three housekeeping genes atpA, mutY, ppa

Abstract

Генетическое разнообразие бактерии Helicobacter pylori (H. pylori), которая колонизирует слизистую оболочку желудка и двенадцатиперстной кишки человека, вызывая различные гастродуоденальные заболевания, схоже с географической подразделенностью Homo sapiens. Данное явление связывают с коэволюцией анатомически современного человека (Anatomically modern human) и H. pylori со времен расселения из африканского континента. В Якутии исследование происхожденияштаммов H. pylori ранее не проводилось. Этот вопрос является актуальным, поскольку неизвестно, были ли бактерии H. pylori привнесены европейским населением в XVII веке (как, например, в случае с Mycobacterium tuberculosis), или же местные штаммы имеют автохтонное происхождение. Целью данной работы является филогенетический анализ штаммов H. pylori, циркулирующих в Якутии по данным анализа трех генов домашнего хозяйства atpA, mutY и ppa. Исследоваливыборку из 28 образцов ДНК H. pylori, выделенных из биоптатов пациентов с гастродуоденальными заболеваниями, фенольно-хлороформным методом. Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа трех генов – atpA, mutY и ppa, включало данные по 1392 штаммам из открытой базы данных «Helicobacter pyloriMLST Databases» (https://pubmlst.org/helicobacter/) и 28 изолятам из Якутии. Выявлен высокий процент европейской популя-ции H. pylori среди якутов (hpEurope – 89,3%). Полученные результаты можно связать с освоением территории Восточной Сибири русскими землепроходцами, начиная с XVII века с последующейэкспансией русскоязычного населения на территорию Якутии. Наличие гаплотипа hpEastAsia было выявлено у 10,7% образцов ДНК. Возможно, это свидетельствует о том, что инфицирование восточноазиатскими штаммами могло произойти недавно, либо эти штаммы являются автохтон-ными и могут быть отнесены к субгаплотипу hspSiberia, относящихся к базовому гаплотипу hpEastAsia. Для однозначной дифференциации якутских штаммов H. pylori, относящихся к гаплотипу hpEastAsia, необходимы дополнительные исследования с увеличением размеров выборки и числа маркерных генов для филогенетического анализа.