Transcriptome-wide association study by different approaches reveals candidate causal genes for cannabis use disorder
Author:
Gao Jiayang,Guo Xin,Yan Chunxia,Gong Xiaojuan,Ma Pan,Gu Shanzhi,Zhang Bao
Subject
Genetics,General Medicine
Reference47 articles.
1. Aguet, F., Brown, A.A., Castel, S.E., Davis, J.R., He, Y., Jo, B., Mohammadi, P., Park, Y., Parsana, P., Segrè, A.V., Strober, B.J., Zappala, Z., Cummings, B.B., Gelfand, E.T., Hadley, K., Huang, K.H., Lek, M., Li, X., Nedzel, J.L., Nguyen, D.Y., Noble, M.S., Sullivan, T.J., Tukiainen, T., MacArthur, D.G., Getz, G., Addington, A., Guan, P., Koester, S., Little, A.R., Lockhart, N.C., Moore, H.M., Rao, A., Struewing, J.P., Volpi, S., Brigham, L.E., Hasz, R., Hunter, M., Johns, C., Johnson, M., Kopen, G., Leinweber, W.F., Lonsdale, J.T., McDonald, A., Mestichelli, B., Myer, K., Roe, B., Salvatore, M., Shad, S., Thomas, J.A., Walters, G., Washington, M., Wheeler, J., Bridge, J., Foster, B.A., Gillard, B.M., Karasik, E., Kumar, R., Miklos, M., Moser, M.T., Jewell, S.D., Montroy, R.G., Rohrer, D.C., Valley, D., Mash, D.C., Davis, D.A., Sobin, L., Barcus, M.E., Branton, P.A., Abell, N.S., Balliu, B., Delaneau, O., Frésard, L., Gamazon, E.R., Garrido-Martín, D., Gewirtz, A.D.H., Gliner, G., Gloudemans, M.J., Han, B., He, A.Z., Hormozdiari, F., Li, X., Liu, B., Kang, E.Y., McDowell, I.C., Ongen, H., Palowitch, J.J., Peterson, C.B., Quon, G., Ripke, S., Saha, A., Shabalin, A.A., Shimko, T.C., Sul, J.H., Teran, N.A., Tsang, E.K., Zhang, H., Zhou, Y.-H., Bustamante, C.D., Cox, N.J., Guigó, R., Kellis, M., McCarthy, M.I., Conrad, D.F., Eskin, E., Li, G., Nobel, A.B., Sabatti, C., Stranger, B.E., Wen, X., Wright, F.A., Ardlie, K.G., Dermitzakis, E.T., Lappalainen, T., Aguet, F., Ardlie, K.G., Cummings, B.B., Gelfand, E.T., Getz, G., Hadley, K., Handsaker, R.E., Huang, K.H., Kashin, S., Karczewski, K.J., Lek, M., Li, X., MacArthur, D.G., Nedzel, J.L., Nguyen, D.T., Noble, M.S., Segrè, A.V., Trowbridge, C.A., Tukiainen, T., Abell, N.S., Balliu, B., Barshir, R., Basha, O., Battle, A., Bogu, G.K., Brown, A., Brown, C.D., Castel, S.E., Chen, L.S., Chiang, C., Conrad, D.F., Cox, N.J., Damani, F.N., Davis, J.R., Delaneau, O., Dermitzakis, E.T., Engelhardt, B.E., Eskin, E., Ferreira, P.G., Frésard, L., Gamazon, E.R., Garrido-Martín, D., Gewirtz, A.D.H., Gliner, G., Gloudemans, M.J., Guigo, R., Hall, I.M., Han, B., He, Y., Hormozdiari, F., Howald, C., Kyung Im, H., Jo, B., Yong Kang, E., Kim, Y., Kim-Hellmuth, S., Lappalainen, T., Li, G., Li, X., Liu, B., Mangul, S., McCarthy, M.I., McDowell, I.C., Mohammadi, P., Monlong, J., Montgomery, S.B., Muñoz-Aguirre, M., Ndungu, A.W., Nicolae, D.L., Nobel, A.B., Oliva, M., Ongen, H., Palowitch, J.J., Panousis, N., Papasaikas, P., Park, Y., Parsana, P., Payne, A.J., Peterson, C.B., Quan, J., Reverter, F., Sabatti, C., Saha, A., Sammeth, M., Scott, A.J., Shabalin, A.A., Sodaei, R., Stephens, M., Stranger, B.E., Strober, B.J., Sul, J.H., Tsang, E.K., Urbut, S., van de Bunt, M., Wang, G., Wen, X., Wright, F.A., Xi, H.S., Yeger-Lotem, E., Zappala, Z., Zaugg, J.B., Zhou, Y.-H., Akey, J.M., Bates, D., Chan, J., Chen, L.S., Claussnitzer, M., Demanelis, K., Diegel, M., Doherty, J.A., Feinberg, A.P., Fernando, M.S., Halow, J., Hansen, K.D., Haugen, E., Hickey, P.F., Hou, L., Jasmine, F., Jian, R., Jiang, L., Johnson, A., Kaul, R., Kellis, M., Kibriya, M.G., Lee, K., Billy Li, J., Li, Q., Li, X., Lin, J., Lin, S., Linder, S., Linke, C., Liu, Y., Maurano, M.T., Molinie, B., Montgomery, S.B., Nelson, J., Neri, F.J., Oliva, M., Park, Y., Pierce, B.L., Rinaldi, N.J., Rizzardi, L.F., Sandstrom, R., Skol, A., Smith, K.S., Snyder, M.P., Stamatoyannopoulos, J., Stranger, B.E., Tang, H., Tsang, E.K., Wang, L., Wang, M., Van Wittenberghe, N., Wu, F., Zhang, R., Nierras, C.R., Branton, P.A., Carithers, L.J., Guan, P., Moore, H.M., Rao, A., Vaught, J.B., Gould, S.E., Lockart, N.C., Martin, C., Struewing, J.P., Volpi, S., Addington, A.M., Koester, S.E., Little, A.R., Consortium, G.T., Lead, a., Laboratory, D.A., Coordinating, C., management, N.I.H.p., Biospecimen, c., Pathology, e, Q.T.L.m.w.g., Laboratory, D.A., Coordinating Center —Analysis Working, G., Statistical Methods groups—Analysis Working, G., Enhancing, G.g., Fund, N.I.H.C., Nih/Nci, Nih/Nhgri, Nih/Nimh, Nih/Nida, Biospecimen Collection Source Site—, N., 2017. Genetic effects on gene expression across human tissues. Nature 550 (7675), 204–213. 2. Mitochondria in health and disease;Annesley;Cells,2019 3. Serine racemase and D-serine in the amygdala are dynamically involved in fear learning;Balu;Biol. Psychiatry,2018 4. Barbeira, A.N., Dickinson, S.P., Bonazzola, R., Zheng, J., Wheeler, H.E., Torres, J.M., Torstenson, E.S., Shah, K.P., Garcia, T., Edwards, T.L., Stahl, E.A., Huckins, L.M., Aguet, F., Ardlie, K.G., Cummings, B.B., Gelfand, E.T., Getz, G., Hadley, K., Handsaker, R.E., Huang, K.H., Kashin, S., Karczewski, K.J., Lek, M., Li, X., MacArthur, D.G., Nedzel, J.L., Nguyen, D.T., Noble, M.S., Segrè, A.V., Trowbridge, C.A., Tukiainen, T., Abell, N.S., Balliu, B., Barshir, R., Basha, O., Battle, A., Bogu, G.K., Brown, A., Brown, C.D., Castel, S.E., Chen, L.S., Chiang, C., Conrad, D.F., Damani, F.N., Davis, J.R., Delaneau, O., Dermitzakis, E.T., Engelhardt, B.E., Eskin, E., Ferreira, P.G., Frésard, L., Gamazon, E.R., Garrido-Martín, D., Gewirtz, A.D.H., Gliner, G., Gloudemans, M.J., Guigo, R., Hall, I.M., Han, B., He, Y., Hormozdiari, F., Howald, C., Jo, B., Kang, E.Y., Kim, Y., Kim-Hellmuth, S., Lappalainen, T., Li, G., Li, X., Liu, B., Mangul, S., McCarthy, M.I., McDowell, I.C., Mohammadi, P., Monlong, J., Montgomery, S.B., Muñoz-Aguirre, M., Ndungu, A.W., Nobel, A.B., Oliva, M., Ongen, H., Palowitch, J.J., Panousis, N., Papasaikas, P., Park, Y., Parsana, P., Payne, A.J., Peterson, C.B., Quan, J., Reverter, F., Sabatti, C., Saha, A., Sammeth, M., Scott, A.J., Shabalin, A.A., Sodaei, R., Stephens, M., Stranger, B.E., Strober, B.J., Sul, J.H., Tsang, E.K., Urbut, S., van de Bunt, M., Wang, G., Wen, X., Wright, F.A., Xi, H.S., Yeger-Lotem, E., Zappala, Z., Zaugg, J.B., Zhou, Y.-H., Akey, J.M., Bates, D., Chan, J., Chen, L.S., Claussnitzer, M., Demanelis, K., Diegel, M., Doherty, J.A., Feinberg, A.P., Fernando, M.S., Halow, J., Hansen, K.D., Haugen, E., Hickey, P.F., Hou, L., Jasmine, F., Jian, R., Jiang, L., Johnson, A., Kaul, R., Kellis, M., Kibriya, M.G., Lee, K., Li, J.B., Li, Q., Li, X., Lin, J., Lin, S., Linder, S., Linke, C., Liu, Y., Maurano, M.T., Molinie, B., Montgomery, S.B., Nelson, J., Neri, F.J., Oliva, M., Park, Y., Pierce, B.L., Rinaldi, N.J., Rizzardi, L.F., Sandstrom, R., Skol, A., Smith, K.S., Snyder, M.P., Stamatoyannopoulos, J., Stranger, B.E., Tang, H., Tsang, E.K., Wang, L., Wang, M., Van Wittenberghe, N., Wu, F., Zhang, R., Nierras, C.R., Branton, P.A., Carithers, L.J., Guan, P., Moore, H.M., Rao, A., Vaught, J.B., Gould, S.E., Lockart, N.C., Martin, C., Struewing, J.P., Volpi, S., Addington, A.M., Koester, S.E., Little, A.R., Brigham, L.E., Hasz, R., Hunter, M., Johns, C., Johnson, M., Kopen, G., Leinweber, W.F., Lonsdale, J.T., McDonald, A., Mestichelli, B., Myer, K., Roe, B., Salvatore, M., Shad, S., Thomas, J.A., Walters, G., Washington, M., Wheeler, J., Bridge, J., Foster, B.A., Gillard, B.M., Karasik, E., Kumar, R., Miklos, M., Moser, M.T., Jewell, S.D., Montroy, R.G., Rohrer, D.C., Valley, D.R., Davis, D.A., Mash, D.C., Undale, A.H., Smith, A.M., Tabor, D.E., Roche, N.V., McLean, J.A., Vatanian, N., Robinson, K.L., Sobin, L., Barcus, M.E., Valentino, K.M., Qi, L., Hunter, S., Hariharan, P., Singh, S., Um, K.S., Matose, T., Tomaszewski, M.M., Barker, L.K., Mosavel, M., Siminoff, L.A., Traino, H.M., Flicek, P., Juettemann, T., Ruffier, M., Sheppard, D., Taylor, K., Trevanion, S.J., Zerbino, D.R., Craft, B., Goldman, M., Haeussler, M., Kent, W.J., Lee, C.M., Paten, B., Rosenbloom, K.R., Vivian, J., Zhu, J., Nicolae, D.L., Cox, N.J., Im, H.K., Consortium, G.T., Laboratory, D.A., Coordinating Center —Analysis Working, G., Statistical Methods groups—Analysis Working, G., Enhancing, G.g., Fund, N.I.H.C., Nih/Nci, Nih/NhgrI, Nih/Nimh, Nih/Nida, Biospecimen Collection Source Site—, N., Biospecimen Collection Source Site—r, P.C.I., Biospecimen Core resource—, V., Brain Bank repository—University of Miami Brain Endowment, B., Leidos Biomedical—Project, M., Study, E., Genome Browser Data, I., Visualization—Ebi, Genome Browser Data, I., Visualization—Ucsc Genomics Institute, U.o.C.S.C, 2018. Exploring the phenotypic consequences of tissue specific gene expression variation inferred from GWAS summary statistics. Nat. Commun. 9 (1), 1825. 5. Mitochondrial dynamics and its involvement in disease;Chan;Annu. Rev. Pathol.,2020
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