Cactus: A user-friendly and reproducible ATAC-Seq and mRNA-Seq analysis pipeline for data preprocessing, differential analysis, and enrichment analysis

Author:

Salignon Jérôme,Millan-Ariño Lluís,Garcia Maxime U.,Riedel Christian G.

Funder

Swedish Research Council

Novo Nordisk Foundation

Swedish Cancer Society

Publisher

Elsevier BV

Reference79 articles.

1. BRB-seq: ultra-affordable high-throughput transcriptomics enabled by bulk RNA barcoding and sequencing;Alpern;Genome Biol.,2019

2. Scalable workflows and reproducible data analysis for genomics;Strozzi,2019

3. Nextflow enables reproducible computational workflows;Di Tommaso;Nat. Biotechnol.,2017

4. Snakemake—a scalable bioinformatics workflow engine;Köster;Bioinformatics,2012

5. Docker: lightweight Linux containers for consistent development and deployment;Merkel;Linux J.,2014

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