Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior.

Author:

Zambrano José Luis1ORCID,Jaspe Rossana2ORCID,Hidalgo Mariana3ORCID,Sulbarán Yoneira4ORCID,Loureiro Carmen2ORCID,Moros Zoila1ORCID,Garzaro Domingo5ORCID,Vizzi Esmeralda6ORCID,Rangel Héctor5ORCID,Liprandi Ferdinando7ORCID,Pujol Flor2ORCID

Affiliation:

1. Laboratorio de Virología Celular, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

2. Laboratorio de Virología Molecular, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

3. Laboratorio de Inmunoparasitología, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

4. Laboratorio de Virología Molecular, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

5. Laboratorio de Virología Molecular, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

6. Laboratorio de Biología de Virus, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

7. Laboratorio de Biología de Virus, Centro de Microbiología y Biología Celular, Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas, Caracas, Miranda, Venezuela.

Abstract

By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protec-tion elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibil-ity to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Publisher

Universidad del Zulia

Subject

General Medicine

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