Güney Marmara Bölgesi Kabakgil Üretim Alanlarında Cucumis melo endornavirus Enfeksiyonunun Belirlenmesi ve İzolatların Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Son yıllarda, kabakgillerde enfeksiyona neden olan ve tanısı yapılan virüs hastalıklarından biri de cucumis melo endornavirus (CmEV)’dır. Virüs, ülkemizde sınırlı bir alanda tespit edilmiş olup etmenin diğer üretim bölgelerindeki varlığı ve genetik çeşitliliğine yönelik gerçekleştirilmiş bir çalışma bulunmamaktadır. Bu bağlamda, bu çalışma Güney Marmara bölgesindeki CmEV varlığının ve izolatlarının genetik çeşitliliğinin belirlenmesi amacı ile yürütülmüştür. Güney Marmara bölgesini oluşturan illerdeki kabakgil üretim alanlarından virüs ve virüs-benzeri belirti gösteren 71 örnek alınmıştır. Alınan örnekler gen spesifik primerler kullanılarak reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) yöntemi ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda, toplanan örneklerin 31 tanesi CmEV ile enfekteli bulunmuştur. Etmenin enfeksiyonu tespit edilen kabakgil türleri ise kavun, kabak, karpuz, hıyar ve acurdur. CmEV enfeksiyonu tespit edilen hıyar ve kabak bitkileri ülkemizde yeni konukçu kaydı niteliğinde olup, karpuz bitkisinde tespit edilen CmEV enfeksiyonu ise dünya için yeni bir konukçu kaydı niteliği taşımaktadır. Elde edilen izolatlar arasından seçilen 6 izolatın moleküler karakterizasyonu sonucunda ise izolatların genel olarak birbirleri ile nükleotit ve amino asit düzeyinde %91 ve üstü sekans benzerlikleri gösterdikleri belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise Türk izolatlarının büyük bir kısmının dünya izolatlarından farklı bir filogenetik grupta olduğu görülmüştür. Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemizde CmEV tespit edilen alanların ve kabakgil türlerinin arttığı belirlenmiştir.