En el presente artículo se utiliza una perspectiva de rectoría de la salud, con el fin de interpretar las fortalezas y los obstáculos relativos a las capacidades de las autoridades nacionales de salud para responder ante la pandemia de COVID-19, a través del marco renovado de las funciones esenciales de salud pública (FESP). Sobre la base de una revisión bibliográfica, se sostiene que las capacidades institucionales que necesitan los países de la Región de las Américas para responder ante la pandemia de COVID-19 incluyen las cuatro etapas del nuevo ciclo de políticas en las FESP: la evaluación, la formulación de políticas, la asignación de recursos y el acceso. Aunque las autoridades de salud proporcionaron las funciones esenciales (por ejemplo, análisis de datos, diálogos intersectoriales en materia de políticas y asignación de fondos adicionales), las intervenciones que se implementaron estuvieron sujetas a las estructuras institucionales de cada país. Las autoridades de salud tuvieron que hacer frente a desafíos considerables como la fragmentación y la falta de capacidades institucionales y de personal, lo que pone en peligro la ejecución de actividades de respuesta eficaces y equitativas. Además, la respuesta a la pandemia ha sido desigual debido a algunas debilidades en la capacidad central de liderazgo y coordinación, la politización de las actividades de respuesta y las diferencias en la capacidad de respuesta a nivel subnacional. Esos desafíos son el reflejo de deficiencias estructurales que ya existían antes de que comenzara la pandemia, así como de la asignación de una prioridad baja a la salud pública en la agenda para el fortalecimiento de los sistemas de salud. En las agendas que se elaboren en el futuro debe darse prioridad a mejorar los elementos estructurales, fortalecer las capacidades de rectoría de las autoridades de salud y crear estructuras institucionales que garanticen tanto el acceso universal a la atención de salud como la cobertura universal de salud.