Affiliation:
1. IHSAN DOGRAMACI BILKENT UNIVERSITY
2. SABANCI ÜNİVERSİTESİ
Abstract
İşlevi, bir hücrenin veya organizmanın hayatta kalabilmesi veya üreme başarısı için vazgeçilmez olan genler, esaslı genler olarak kabul edilir. Esaslı genleri esaslı olmayanlardan ayırt etmek, bir organizmanın minimum fonksiyonel gereksinimlerinin anlaşılabilmesi için genetikte kilit bir sorudur. Esaslı genler küme bilgisi, ilaç tasarlanmasında da çok önemlidir. Literatürdeki, bir protein-protein etkileşim ağındaki gen konumunun, gen esaslılığı ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Burada, bir protein-protein etkileşimi (PPI) ağının düğüm yerleştirmelerinin gen gerekliliğini tahmin etmeye yardımcı olup olamayacağını soruyoruz. İnsan geninin esaslığını tahmin etme konusundaki sonuçlarımız, düğüm gömülümlerinin tek başına %88'e kadar AUC skoruna ulaşabileceğini göstermektedir. Bu skor, gen özelliklerini karakterize etmek için topolojik özellikleri kullanılan modellerin başarımından ve önceki çalışma sonuçlarından daha iyidir. Ayrıca, türler arası homoloji bilgisi ile birleştiğinde, bu performansın %89 AUC skoruna ulaştığını gösteriyoruz. Çalışmamız, PPI ağındaki bir proteinin düğüm gömülümlerinin, proteinlerin ağ bağlantı modellerini yakaladığını ve gen esaslılık tahminlerini geliştirdiğini gösteriyor.
Publisher
Duzce Universitesi Bilim ve Teknoloji Dergisi
Reference45 articles.
1. [1] G. Rancati, J. Moffat, A. Typas, N. Pavelka, “Emerging and evolving concepts in gene essentiality”, Nature Reviews Genetics, vol. 19, no.1, pp. 34, 2018.
2. [2] M. Itaya, “An estimation of minimal genome size required for life”, FEBS Letters, vol. 362, no.3, pp. 257–60, 1995.
3. [3] A. R. Mushegian, E.V. Koonin, “A minimal gene set for cellular life derived by comparison of complete bacterial genomes”, Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 93, no.19, pp. 10268–73, 1996.
4. [4] E.V. Koonin, “How many genes can make a cell: the minimal-gene-set concept”, Annual Review of Genomics and Human Genetics, vol. 1, no. 1, pp. 99–116, 2000.
5. [5] M.Y. Galperin, E.V. Koonin, “Searching for drug targets in microbial genomes”, Current Opinion in Biotechnology, vol. 10, no. 6, pp. 571–78, 1999.