1. Aagaard, Kaare. 2003. Forskningspolitik og tværdisciplinaritet. Rapport 2003/7. Analyseinstitut for Forskning.
2. Aagaard, Kaare. 2011. Kampen om basismidlerne. Historisk institutionel analyse af basisbevillingsmodellens udvikling på universitetsområdet i Danmark. Ph.D. dissertation. Department of Political Science. Aarhus University.
3. Aagaard, Kaare, and Niels Mejlgaard (eds.). 2012. Dansk Forskningspolitik efter årtusindskiftet. Aarhus Universitetsforlag.
4. Aagaard, Kaare, and Tine Ravn. 2012. Forskningsrådssystemet—Tilføjelser og forskydninger. In Dansk Forskningspolitik efter årtusindskiftet (Chapter 8), eds. Kaare Aagaard, and Niels Mejlgaard. Aarhus Universitetsforlag.
5. Aagaard, Kaare, Hanne F. Hansen, and Jørgen G. Rasmussen. 2016. Mergers in Danish higher education: An overview over the changing landscape. In Mergers in higher education, eds. Romulo Pinheiro, Lars Geschwind, and Timo Aarrevaara, 73–88. Berlin: Springer.