Affiliation:
1. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (DR)
2. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ, FEN FAKÜLTESİ, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK BÖLÜMÜ
Abstract
Eber Gölü, Türkiye'de göçmen kuşların geçiş rotası üzerinde yer almakta ve sazlık alanları sayesinde birçok kuş türüne doğal üreme ve yaşam alanı sağlamaktadır. Ülkemizde bu kadar önemli bir göl olmasına rağmen prokaryotik çeşitlilik konusunda yeterli çalışma olmadığı görülmüştür. Metagenomik analiz DNA izolasyonu ile elde edilen mikroorganizmaların türlerini, genetik yapılarını, fonksiyonel rollerini ve insan ile ekolojik sağlık üzerindeki etkilerini belirlemeyi mümkün kılmaktadır. Yeni nesil dizileme (YND), birçok DNA veya RNA örneğinin eşzamanlı olarak yüksek hızda ve yüksek hassasiyetle dizilenmesini mümkün kılan, modern bir DNA/RNA dizileme teknolojisidir. Bu çalışmamızda Eber Gölü'ne ait 16S ribozomal DNA (rDNA) (V3-V4 bölgeleri) dizilerinin metagenomik analizi için yüksek verimli YND yöntemleri kullanılmıştır. Prokaryotik çeşitliliği incelemek amacıyla MOTHUR yazılımı kullanılarak Illumina NovaSeq teknolojisi ile elde edilen dizi verileri analiz edilmiştir. Analizler sonucu Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes ve Actinobacteria Şubelerinin baskın olduğu ortaya çıkarılarak Eber Gölü'ndeki prokaryotik çeşitlilik detaylı bir şekilde karakterize edilmiştir.
Funder
İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi
Reference31 articles.
1. Anonim. (2023). Türkiye Kültür Portalı URL: https://www.kulturportali.gov.tr/turkiye/afyonkarahisar/TurizmAktiviteleri/eber-golu (accessed date: March 07, 2023).
2. Balkwill, D. L., Reeves, R. H., Drake, G. R., Reeves, J. Y., Crocker, F. H., King, M. B., & Boone, D. R. (1997). Phylogenetic characterization of bacteria in the subsurface microbial culture collection. FEMS microbiology reviews, 20(3-4), 201–216. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.1997.tb00309.x
3. Bhaduri, Anik & Ringler, Claudia & Dombrowski, Ines & Mohtar, Rabi & Scheumann, Waltina. (2015). Sustainability in the water–energy–food nexus. Water International. 40. 723-732. 10.1080/02508060.2015.1096110.
4. Carpenter, Stephen & Cole, Jonathan & Pace, M & Batt, R & Brock, WA & Cline, Timothy & Coloso, James & Hodgson, James & Kitchell, J & Seekell, DA & Patrick, Laura & Weidel, Brian. (2011). Early Warnings of Regime Shifts: A Whole-Ecosystem Experiment. Science (New York, N.Y.). 332. 1079-82. 10.1126/science.1203672.
5. Cipriano, R.C. ve R.A. Holt. 2005. Flavobacterium psychrophilum, cause of Bacterial Cold-Water Disease and Rainbow Trout Fry Syndrome. Fish Disease Leaflet No. 86. United States Dept. of the Interior. U.S. Geological Service, National Fish Health Research Laboratory, Kearneysville, WV.
Cited by
1 articles.
订阅此论文施引文献
订阅此论文施引文献，注册后可以免费订阅5篇论文的施引文献，订阅后可以查看论文全部施引文献