Haploinsufficiency in PTPN2 leads to early-onset systemic autoimmunity from Evans syndrome to lupus

Author:

Jeanpierre Marie1ORCID,Cognard Jade2ORCID,Tusseau Maud23ORCID,Riller Quentin1ORCID,Bui Linh-Chi4ORCID,Berthelet Jérémy5ORCID,Laurent Audrey6ORCID,Crickx Etienne17ORCID,Parlato Marianna1ORCID,Stolzenberg Marie-Claude1ORCID,Suarez Felipe8ORCID,Leverger Guy9ORCID,Aladjidi Nathalie1011ORCID,Collardeau-Frachon Sophie1213ORCID,Pietrement Christine14ORCID,Malphettes Marion15ORCID,Froissart Antoine16ORCID,Bole-Feysot Christine17ORCID,Cagnard Nicolas18ORCID,Rodrigues Lima Fernando4ORCID,Walzer Thierry2ORCID,Rieux-Laucat Frédéric1ORCID,Belot Alexandre26ORCID,Mathieu Anne-Laure2ORCID

Affiliation:

1. Laboratory of Immunogenetics of Pediatric Autoimmune Diseases, Imagine Institute, Université Paris Cité, INSERM UMR 1163 1 , Paris, France, IHU-Imagine, Université de Paris, Paris, France

2. Centre International de Recherche en Infectiologie, Inserm, U1111, CNRS, UMR5308, École Normale Supérieure de Lyon 2 , Lyon, France

3. Hospices Civils de Lyon 3 Department of Medical Genetics, , Bron, France

4. Université Paris Cité, CNRS, Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative 4 , Paris, France

5. Université Paris Cité, CNRS, Epigenetics and Cell Fate 5 , Paris, France

6. National Referee Centre for Pediatric-Onset Rheumatism and Autoimmune Diseases, Hospices Civils de Lyon, Pediatric Nephrology, Rheumatology, Dermatology Unit, Mother and Children University Hospital 6 ; Lyon, France

7. Service de Médecine Interne, Centre National de Référence des Cytopénies Auto-immunes de L’adulte, Hôpital Henri Mondor, Fédération Hospitalo-Universitaire TRUE InnovaTive TheRapy for ImmUne disordErs, Assistance Publique Hôpitaux de Paris, Université Paris Est Créteil 7 , Créteil, France

8. Necker-Enfants Malades University Hospital and Centre de Référence des déficits Immunitaires Héréditaires, Assistance Publique Hôpitaux de Paris, INSERM U1163, Imagine Institute, Université Paris Cité 8 Department of Adult Hematology, , Paris, France

9. Sorbonne Université, INSERM, Centre de Recherche Saint-Antoine, UMR_S938, Assistance Publique Hôpitaux de Paris, Groupe Hospitalier Sorbonne Université, Hôpital Armand Trousseau 9 , Paris, France

10. Centre de Référence National des Cytopénies Auto-immunes de l’Enfant 10 , Bordeaux, France

11. Pediatric Oncology Hemato-Immunology Unit, University Hospital, Plurithématique Centre d’Investigation Clinique, 1401, INSERM 11 , Bordeaux, France

12. Institute of Pathology, Hôpital Femme-Mère-Enfant, Hospices Civils de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 12 , Lyon, France

13. Société Française de Foetopathologie Paris 13 , Paris, France

14. Centre Hospitalier Universitaire de Reims, Service de Pédiatrie Spécialisée et Généralisée, Université Reims Champagne Ardenne 14 , Reims, France

15. Service d’Immunopathologie Clinique, Saint Louis Hospital, Assistance Publique Hôpitaux de Paris 15 , Paris, France

16. Service Médecine Interne, Hôpital Intercommunal de Créteil 16 , Créteil, France

17. Genomic Platform, INSERM UMR 1163, Imagine Institute, University Paris Cité 17 , Paris, France

18. Bioinformatic Platform, INSERM UMR 1163, Imagine Institute, University Paris Cité 18 , Paris, France

Abstract

An exome sequencing strategy employed to identify pathogenic variants in patients with pediatric-onset systemic lupus or Evans syndrome resulted in the discovery of six novel monoallelic mutations in PTPN2. PTPN2 is a phosphatase that acts as an essential negative regulator of the JAK/STAT pathways. All mutations led to a loss of PTPN2 regulatory function as evidenced by in vitro assays and by hyperproliferation of patients’ T cells. Furthermore, patients exhibited high serum levels of inflammatory cytokines, mimicking the profile observed in individuals with gain-of-function mutations in STAT factors. Flow cytometry analysis of patients’ blood cells revealed typical alterations associated with autoimmunity and all patients presented with autoantibodies. These findings further supported the notion that a loss of function in negative regulators of cytokine pathways can lead to a broad spectrum of autoimmune manifestations and that PTPN2 along with SOCS1 haploinsufficiency constitute a new group of monogenic autoimmune diseases that can benefit from targeted therapy.

Funder

Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale

Agence Nationale de la Recherche

Centre de Référence Déficits Immunitaires Héréditaires

Fondation ARC pour la recherche sur le Cancer

Fondation pour la recherche Médicale

Horizon Europe

Centre de référence des rhumatismes inflammatoires, des interféronopathies et des maladies autoimmunes

Centre National de la Recherche Scientifique

Université Paris Cité

Ligue Nationale Contre le Cancer

Publisher

Rockefeller University Press

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1. Contribution of gut-derived T cells to extraintestinal autoimmune diseases;Trends in Immunology;2024-09

2. PTPN2 deficiency: Amping up JAK/STAT;Journal of Experimental Medicine;2024-07-19

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