Podhod k klasterizacii pacientov po mikrochipovym dannym vnutri otdel'nyh lokusov s ispol'zovaniem kombinacij variantov

Abstract

Distrofiya rogovicy Fuksa yavlyaetsya social'no znachimym nasledstvennym zabolevaniem. Bolee poloviny sluchaev v evropejskoj populyacii vyzvany uvelicheniem chisla trinukleotidnyh povtorov v gene TCF4. Cel'yu issledovaniya bylo razrabotat' i proverit' podhod razdeleniya pacientov na gruppy na osnove rezul'tatov chip-genotipirovaniya i polnogenomnogo associativnogo issledovaniya (GWAS). V kachestve iskhodnyh dannyh ispol'zovali datasety FECD Genetics Multi-center Study i proekta AREDs v kolichestve 1721 klinicheskih sluchaev i 2408 kontrol'nyh pacientov. Pri analize rezul'tatov GWAS bylo provedeno razdelenie pacientov i gruppy kontrolya na dve gruppy metodom ierarhicheskoj klasterizacii s uchetom predpolozheniya, chto pacienty s uvelichennym chislom povtorov v gene TCF4 imeyut opredelennye sochetaniya genomnyh variantov (gaplotipov). Pokazano, chto odinochnye varianty ne mogut byt' ispol'zovany dlya molekulyarno-geneticheskoj klassifikacii pacientov s uvelichennym chislom povtorov v gene TCF4 iz-za rassoglasovannosti rezul'tatov po variantam. Pri etom gaplotipnyj podhod prevzoshel analiziruemye varianty po parametru otnosheniya shansov, perekryvaya 95%-j doveritel'nyj interval vyborok dvuh eksperimental'nyh issledovanij. Predlozhennyj metod pozvolyaet prodolzhat' poisk biologicheski obosnovannyh sochetanij genomnyh variantov.