La Sélection à Parenté Minimum Génomique : principes et résultats pour les deux races caprines laitières principales françaises

Abstract

La Sélection à Parenté Minimum (SPM) est une stratégie de sélection performante d’optimisation combinée du progrès génétique et de la variabilité génétique des reproducteurs, développée en France au début des années 2000. Elle utilise la méthode dite du « recuit simulé ». Son application dans les schémas de sélection caprins a démarré en 2006 pour la procréation des mâles d’Insémination Artificielle (IA) par l’Organisme de Sélection (OS) français des deux races principales françaises, Alpine et Saanen. En 2018, alors que la sélection génomique est mise en place par l’OS dans les deux races, une version « génomique » de la SPM a été développée, tenant compte des informations génomiques pour évaluer les relations de parenté entre reproducteurs, et des différences de fiabilité des valeurs génétiques des boucs d’IA selon s’ils sont testés ou non sur descendance. Son efficacité est présentée pour les accouplements entre « pères à boucs » et « mères à boucs », réellement réalisés en 2021 par l’OS. Les animaux issus des accouplements présentent un niveau génétique global élevé), une consanguinité modérée (3,0 à 3,6 %) et peu de défauts sur les valeurs génétiques de chacun des caractères élémentaires en sélection. Le pourcentage de « pères à boucs » non testés sur descendance, critère clé nouvellement optimisé dans la SPM, est de 35 %. Il est atteint à la fois à l’échelle de tous les accouplements, et à l’échelle des troupeaux. L’étude des mâles d’IA nés entre 2000 et 2020 permet de mesurer l’impact réel de la SPM sur le long terme et d’estimer les premiers effets de la version génomique. Le progrès génétique annuel sur l’index de synthèse correspondant à l’objectif de sélection est conséquent avec 0,17 écart-type génétique dans chacune des races. En parallèle, le taux d’augmentation de la consanguinité par génération est très modéré : 0,26 % en race Alpine et 0,21 % en race Saanen.