HIỆU CHỈNH CÁC THÀNH PHẦN CHO PHẢN ỨNG PCR CỦA CÁC MICROSATELLITE VÀ NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC QUẦN THỂ CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus)

Abstract

  Trong nghiên cứu này, các chỉ thị microsatellite khảo sát đặc hiệu cho bộ gen cho cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) kế thừa từ các nghiên cứu trước đã được chọn lọc được để tối ưu nhằm có thể tạo tổ hợp microsatellite có cùng điều kiện PCR tương đồng dùng trong quy trình phản ứng multiplex PCR (một nhóm các microsatellite trong cùng một phản ứng PCR) phục vụ phân tích đa dạng di truyền các quần thể cá Tra tại Việt Nam. Các chỉ thị sử dụng trong nghiên cứu là bộ 7 chỉ thị microsatellite đơn (Ph07, Ph09, Ph41, CB12, CB15, CB18 và PSPG579) được tối ứu phản ứng PCR thành công và thử nghiệm đánh giá đa dạng một số quần thể cá Tra nhằm kiểm tra hiệu quả ứng dụng trong nghiên cứu tiếp theo. Phương pháp được sử dụng trong nghiên cứu này là phản ứng PCR đơn khảo sát và tối ưu riêng cho từng chỉ thị microsatellite khi điện di agarose 4% cho việc phân tích đa hình. Kết quả cho thấy tất cả chỉ thị đã được tối ưu thành công cho các phản ứng PCR trên cá Tra và các chỉ thị có sự đa hình cao với trung bình số đoạn khuếch đại 7,11, Na=6,19, He=0,78, PIC=0,77 trên mỗi chỉ thị trong 3 nhóm mẫu. Nghiên cứu làm nền tảng cơ sở cho các bước khảo sát tiếp theo (Multiplex PCR) và có ý nghĩa khoa học trong trong việc hỗ trợ các nghiên cứu đa dạng di truyền khác trên cá Tra.