Genomics for Arbovirus Surveillance: Considerations for Routine Use in Public Health Laboratories

Author:

Patiño Leandro12,Benítez Andrea Denisse3,Carrazco-Montalvo Andrés4ORCID,Regato-Arrata Mary5

Affiliation:

1. Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Dirección Técnica de Investigación, Desarrollo e Innovación, Guayaquil 090150, Ecuador

2. Facultad Ciencias de la Vida, Escuela Superior Politécnica del Litoral, ESPOL, Campus Gustavo Galindo Km. 30.5 Vía Perimetral, Guayaquil 090902, Ecuador

3. Instituto de Microbiología, Universidad San Francisco de Quito USFQ, Quito 170901, Ecuador

4. Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática, Quito 170403, Ecuador

5. Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Centro de Referencia Nacional de Virus Exantemáticos, Gastroentericos y Transmitidos por Vectores, Guayaquil 090150, Ecuador

Abstract

The emergence and re-emergence of arthropod-borne viruses is a public health threat. For routine surveillance in public health laboratories, cost-effective and reproducible methods are essential. In this review, we address the technical considerations of high-throughput sequencing methods (HTS) for arbovirus surveillance in national health laboratories, focusing on pre-sequencing, sequencing, and post-sequencing approaches, underlining the importance of robust wet and dry laboratory workflows for reproducible analysis. We aim to provide insights for researchers and clinicians interested in arbovirus, diagnosis, and surveillance by discussing current advances in sequencing methods and bioinformatics pipelines applied to arboviruses.

Funder

Secretaría de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación

Publisher

MDPI AG

同舟云学术

1.学者识别学者识别

2.学术分析学术分析

3.人才评估人才评估

"同舟云学术"是以全球学者为主线,采集、加工和组织学术论文而形成的新型学术文献查询和分析系统,可以对全球学者进行文献检索和人才价值评估。用户可以通过关注某些学科领域的顶尖人物而持续追踪该领域的学科进展和研究前沿。经过近期的数据扩容,当前同舟云学术共收录了国内外主流学术期刊6万余种,收集的期刊论文及会议论文总量共计约1.5亿篇,并以每天添加12000余篇中外论文的速度递增。我们也可以为用户提供个性化、定制化的学者数据。欢迎来电咨询!咨询电话:010-8811{复制后删除}0370

www.globalauthorid.com

TOP

Copyright © 2019-2024 北京同舟云网络信息技术有限公司
京公网安备11010802033243号  京ICP备18003416号-3