Genetic Diversity of Hepatitis E Virus in the Republic of Belarus

Abstract

Целью настоящего исследования явилось изучение генетического полиморфизма штаммов вирусного гепатита Е (ВГЕ), выделенных из организма человека и животных в Республике Беларусь. Образцы биологического материала от 97 пациентов, 79 свиней, 28 диких кабанов, 40 оленей, 359 кроликов использовали для обнаружения РНК ВГЕ при помощи ПЦР-анализа. Выделенные нуклеотидные последовательности (n=9) подвергли процедуре секвенирования и филогенетическому анализу. Построена модель эволюционных отношений для последовательностей, кодирующих фрагмент белка капсида вируса. Изученные последовательности распределились по двум основным кладам субгенотипов 3-го генотипа вируса. В пределах клады«3abchij» кластеризуется 5 из 9 изученных последовательностей, а в кладе «3efg» – 2 изученных изолята. Последовательности, выделенные из организма кроликов, с вероятностью 94% образуют отдельную кладу дендрограммы в пределах 3-го генотипа. Изученные нуклеотидные последовательности ВГЕ, выделенные из организма человека и животных, кластеризуются с референсными последовательностями 3c, 3f, 3i и 3ra субгенотипов. Доказана возможность завоза ВГЕ в Республику Беларусь с территории Западной Европы и Российской Федерации, а также существование аутохтонных случаев заболевания ВГЕ, имеющих зоонозную природу. The objective of this research was to study the genetic diversity of hepatitis E virus (HEV) strains obtained from humans and animals in Belarus. Samples of biological material from 97 patients, 79 pigs, 28 wild boars, 40 deer, 359 rabbits were tested for HEV RNA in RT-PCR. The obtained nucleotide sequences (n=9) were subjected to sequencing and phylogenetic analysis. A model of evolutionary relationships for the sequences encoding a fragment of the viral capsid protein was constructed. The sequences from this study split up between the two main clades of subgenotypes of the viral genotype 3. Within the “3abchij” clade, 5 of the 9 studied sequences were clustered, and within the “3efg” clade 2 studied isolates were the subject to clustering. The sequences from rabbits formed a separate clade on dendrogram within the genotype 3 with a probability of 94%. The studied HEV nucleotide sequences obtained from humans and animals were clustered with subgenotype reference sequences 3c, 3f, 3i, and 3ra. The possibility of HEV import to the Republic of Belarus from Western Europe and the Russian Federation, as well as existence of autochthonous zoonotic cases of HEV infection have been proved.