Um estudo sobre funções de energia com modelo HP-2D no algoritmo de colônia de formigas com método de backtracking

Abstract

Este trabalho aplica um algoritmo de otimização computacional: o Algoritmo de Colônia de Formigas, com o método de backtracking para correção de soluções infactíveis para o problema de predição de estruturas de proteínas, considerado um problema de alta complexidade. Este problema é um grande desafio e uma importante questão nesta área de pesquisa, uma vez que a partir da estrutura conhecida de uma proteína há a possibilidade do conhecimento de suas funcionalidades serem exploradas, colaborando efetivamente para o avanço no desenvolvimento de novos fármacos. Neste sentido, o objetivo principal deste trabalho foi analisar o desempenho do algoritmo ACO com método de backtracking para o problema de PSP usando duas funções de energia diferentes no modelo de representação HP-2D em uma abordagem ab initio, isto é, sem nenhum conhecimento prévio. Utilizou-se a energia de Lau e Dill, e a energia simplificada, ambas encontradas na literatura, a fim de realizar uma comparação entre elas do ponto de vista computacional e bioquímico. Os experimentos mostraram bons resultados do ACO, principalmente com a energia simplificada.