1. Archivo del Real Jardín Botánico de Madrid (ARJBM), Madrid-España. Fondo: José Celestino Mutis.
2. Archivo General de Indias (AGI), Sevilla-España. Sección: México. Sección: Cuba.
3. Archivo General de la Nación (AGN), Bogotá-Colombia. Sección: Archivo Anexo I. Fondo: Asuntos Importantes. Sección: Colonia. Fondo: Historia Eclesiástica.
4. Archivo General de Simancas (AGS), Simancas-España. Sección: Secretaría de Estado-Inglaterra.
5. Archivo Nacional Histórico (ANH), Santiago-Chile. Fondo: Capitanía General.